Деревня Аныбская до постройки храма входила в состав прихода Деревянской Христорождественской церкви, находившейся в 22-х верстах от деревни. В 1855 г. построена церковь, а в 1859 г. прихожане ходатайствовали перед епископом Вологодским и Устюжским Христофором об учреждении своего прихода с самостоятельным причтом. В 1860 г. согласие было получено, и в мае 1861 г. прибыл первый священник о. Матфей Доброумов, который совершил 9-го мая первое богослужение в селе Аныбском.
Приходское попечительство открыто около 1873 г., председателем избран крестьянин Иван Михайлович Лобанов.
11 октября 1898 г. освящено новое здание церковно-приходской школы.
В 1855 г. с разрешения епископа Вологодского и Устюжского Евлампия построена церковь — деревянная, одноэтажная, тёплая, с двумя престолами: в честь Преображения Господня и свт. Николая Чудотворца. В 1863 г. церковь, с разрешения епархиального начальства, разделена на тёплую и холодную. В тёплой церкви устроен престол во имя преп. Феодосия Тотемского.
В 1890-1895 гг. построена новая каменная одноэтажная церковь в одной связи с колокольней по проекту архитектора Шильдкнехта. Иконописные работы выполнял крестьянин д. Кочпонской Выльгортской волости Викентий Павлович Холопов. Престолы: во имя Преображения Господня, освящён 30 декабря 1895 г.; второй — во имя свт. Николая, освящён 30 декабря 1896 г.
Церкви в Аныбе предшествовала часовня в честь Преображения Господня и свт. Николая Мирликийского Чудотворца. В часовне хранилась икона святителя Николая, которая была перенесена позднее в церковь. В документах упоминались также часовни в д. Лунь-Покинская, д. Мало-Аныбская.
В 1898 г. Афонским Андреевским (Русским Пантелеимоновым?) монастырём пожертвована икона вмч. Пантелеимона, копия чудотворной иконы святого. Доставлена монахом Аверкием. В 1913 г. заказана риза для иконы, металлическая, вызолоченная, с серебряным венцом. Получена по почте 19 марта 1914 г.
В 1910 г. Викентием Холоповым написана икона Святителей Александрийских Кирилла и Афанасия ввиду их почитания в д. Лунь-Покинской, где день святых праздновали дважды в год.
В церковной летописи описывается происшествие, случившееся 11 мая 1917 г., в праздник Вознесения Господня: \\
В 1934 г. церковь закрыта за неуплату налогов.
