Возникновение первой церкви Михаила Архангела в с. Усть-Вымь связано с эпохой миссионерского служения Святителя Стефана Пермского, Просветителя зырян. С 1384 года Святитель приступает к храмовому обустройству Епархии. На месте срубленной св. Стефаном прокудливой берёзы – кумирницы язычников был построен православный храм и освящен в честь Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных и устроен Михаило-Архангельский мужской монастырь. Этот монастырь стал резиденцией пермских епископов до перенесения кафедры в Вологду (сер. XVI в.). В монастыре существовала школа, где обучались зырянские дети и готовились кадры священнослужителей для епархии.
С начала XVII века монастырь постепенно пришёл в упадок и до секуляризационной реформы 1764 года периодически возобновлялся как Усть-Вымская Архангельская пустынь. С упразднением пустыни Михаило-Архангельский храм становится приходской церковью. К концу XVIII века –он единственный из усть-вымских храмов в деревянном исполнении.
В 1786 году по грамоте Преосвященного Иринея вместо ветхого деревянного храма возводится каменный. При разборке деревянного храма был обнаружен истлевший пень необыкновенно крупной берёзы. К 1795 году храм был возведен под крест. Внутренние работы продолжались до 1806 года. Роспись храма выполнял косланский иконописец Яков Попов. 25 января этого же года новоустроенный приходской храм был освящён во имя Михаила Архангела. В 1854 году Михаило-Архангельский приход по распоряжению епархиальных властей был присоединён под предлогом нехватки земель для содержания причта к Усть-Вымскому Благовещенскому приходу. Приход возобновлен по указу Синода и просуществовал до закрытия церкви советскими властями в начале 1930-х годов. Здание храма было передано Усть-Вымскому лагерю ГУЛАГа НКВД. Здесь размещалась столовая и клуб для начальства и охраны Вогваздинского лагерного пункта.
После ликвидации лагеря с конца 1950-х гг. до 1976 года в здании храма действовал сельский клуб с киноустановкой, а в 1980-1995 годах размещался музей истории села Усть-Вымь. К празднованию даты 600-летия кончины Святителя Стефана Пермского (9 мая 1396г.) храм был передан в пользование Айкинской Спасо-Преображенской православной общине, а в ноябре того же года – в бессрочное и безвозмездное пользование вновь открытому Михаило-Архангельскому мужскому монастырю.
