Первый монастырь в Коми был устроен святителем Стефаном в 1383 году во Владычном городке при домовой (крестовой) церкви, построенной на месте срубленной священной берёзы. При Михаило-Архангельской церкви построены несколько келий для монахов и вторая церковь, её освятили во имя святителя Николая Мирликийского. Усть-Вымский монастырь упразднён в 1764 году, монастырские церкви обращены в приходские.
Каменные храмы были наследниками деревянных. Первый из них появился в 1711-1712 годах на месте сгоревшей Никольской церкви. Был он двухэтажным: нижний с престолом Николая Мирликийского, верхний Вознесение Господня. «В одной связи» с церковью была каменная колокольня. Затем на соседнем, «городищенском», холме были воздвигнуты Благовещенский и Стефановский одноэтажные храмы. Благовещенскую церковь строили мастера Иван Леонтьев из Костромского уезда и Иван Лобанов из Солигалича.
Строительство началось в 1741 г. а освятили храм в 1746 г. В 1749 г. к Благовещенской церкви был пристроен Всехсвятский придел с отдельной главой (освящен в 1764 г.), в котором помещались главные святыни Усть-Выми гробницы святых Герасима, Питирима и Ионы. По внешнему виду придел повторял Благовещенский храм, только был меньшего размера.
Стефановский храм воздвигнут рядом с Благовещенским, на месте сгоревшей деревянной церкви. Строили его в 1755- 1766 гг. местные мастера Василий Белоруков, Григорий и Василий Тренькины. В 1795 г. была построена Михайло-Архангельская церковь на «посадском» холме. Она заменила одноименный деревянный монастырский храм. Белые усть-вымские храмы, вытянувшиеся вдоль реки, на высоких холмах, создавали исключительно живописную, праздничную картину, придавая коми селу внушительный вид. Это был достойный памятник древней столице Пермской епархии и ее архиереям.
К сожалению, великолепие Усть-Вымского церковного ансамбля сегодня можно увидеть только на старых фотографиях. Гонение на церковь при советской власти ударило и по усть-вымским храмам. В 1930-е годы они были закрыты (трагичной была судьба священников). Бездумно разрушены Благовещенская и Вознесенская церкви, колокольня, утрачены могилы пермских святых. Уцелели лишь Стефановская и Михайло-Архангельская церкви, да и то потому, что в первой помещалось пожарное дело, а во второй — столовая начальствующего состава, находившегося на другом берегу Выми Вогваздинского лагеря печально известного ГУЛАГа.
Долгие годы они стояли в запустении, медленно разрушаясь. И лишь в 1980-е годы были отреставрированы. Сегодня лишь в Усть-Выми можно увидеть церкви XVIII века. Стефановский и Михайло-Архангельские храмы — старейшие каменные строения на территории Республики Коми. В настоящее время все они принадлежат Миайло-Архангельскому монастырю.
