Деревня Михайловская при речке Суери основана переселенцами из центральных губерний России в 1848 году. После постройки собственной церкви и образования прихода деревня стала именоваться селом Михайловским, в котором ежегодно проводились Никольские торжки.
Со времени основания д. Михайловская входила в состав прихода Знаменской церкви с. Мостовского. В 1859 года был открыт самостоятельный Михайловский приход, в который вошли, кроме самого села, деревни: Крошина, Песьяная, Худорыбья, Троицкая, Першина, Сунгурова. С 1894 года в приходе числится д. Мало-Крошина, расположенная в расстоянии полуверсты от церкви, а в начале XX века появляется д. Кокорина. В таком составе приход существовал до начала 1930-х годов.
В 1858 году в д. Михайловской началось строительство деревянной на каменном фундаменте однопрестольной церкови во имя Святителя и Чудотворца Николая. Строительство велось на средства местных жителей, было окончено в 1859 году. В 1861 году прихожане подрядили живописца, ишимского крестьянина из поселенцев Степана Крутова изготовить золоченый иконостас с резьбой «рококового ордера» и иконами в «греческом стиле». Освящение храма состоялось 9 мая 1865 года. К концу XIX века эта церковь обветшала, а в 1904 году здание было продано Речновскому сельскому обществу, иконы перенесены в новый храм. В связи с ветхостью и молопоместительностью старой деревянной церкви прихожане в 1897 году решили построить новую каменную, в память коронования императора Николая II.
В 1900 году архитектором Николай Юшковым составлен проект нового трехпрестольного храма вместимостью около 1000 человек, после чего постройка была разрешена епархиальным начальством на средства прихожан. Подряд на кладку здания отдан крестьянину Омутинской волости Ялуторвского уезда Георгию Макарову.
Церковь была заложена 13 июля 1900 года благочинным Курганских уездных церквей, священником Петром Буровым. К маю 1905 года внешние и внутренние работы были завершены, на семиглавый с высокой колокольней храм установлены 9 золоченых крестов. В 1906 году были устроены три резных золоченых иконостаса, изготовленные в г. Ишиме по проекту И.А. Хлопотова. Им же были расписаны живописью и украшены орнаментом стены и своды здания.
6 ноября 1906 года благочинным Николаем Буровым в сослужении восьми священников было совершено освящение главного престола во имя Святителя и Чудотворца Николая. В последующие годы были освящены и боковые приделы Михайловского храма: южный во имя священномученика Харлампия и северный во имясСвятого Феодосия Черниговского. После освящения центрального престола на протяжении 10 лет строилась каменная с металлическими решетками церковная ограда, храм продолжал украшаться стенной живописью.
Николаевская церковь в с. Михайловском официально не закрывалась, перестала функционировать с 1932 года, в здании был размещен склад «Заготзерно».
К началу 1960-х годов здание пришло в аварийное состояние, в стенах появились трещины, церковная ограда была полностью разрушена.
