Музей истории православия открыт 4 ноября 2016 года в День народного единства и День образования Марийской автономной области. Музей является филиалом Национального музея Республики Марий Эл им. Т. Евсеева.
Экспозиция музея отражает историю православия на марийской земле, храмовое строительство и приходскую жизнь на территории Марийского края в XVIII веке и начале XX века. Также здесь раскрыта миссионерская и культурно-просветительская деятельность церкви на территории Марийского края в XVIII веке и начале XX века, представлены история православной церкви в Марийском крае в советский период и православие на территории Республики Марий Эл в настоящее время.
В экспозиции содержатся фондовые материалы Национального музея РМЭ им. Т. Евсеева: иконы, распятия, складни, облачения священнослужителей, фотодокументальный материал, духовная литература. Представлены инсталляции: «Монашеская келья Свято-Троицкого женского монастыря в г. Козьмодемьянске», «Разрушение Входо-Иерусалимской церкви Богородице-Сергиева женского монастыря». Также здесь можно увидеть макеты церквей г. Йошкар-Олы.
