В этой местности люди поселились с эпохи мезолита. В самом Кокшайске обнаружено несколько поселений раннего периода эпохи бронзы. Племена, пришедшие с территории нынешних Архангельской и Вологодской областей, принесли с собой и названия рек, на берегу которых жили. Это Малая и Большая Кокшеньга. Реки, между устьями которых находится современный Кокшайск, теперь звучат так: Малая и Большая Кокшага. По названию рек и город, который был основан 439 лет назад по именному указу Ивана Грозного, получил свое название. В «Разрядной книге 1475-1598 годов» сделана следующая запись: «Того же лета посылал государь-царь и великий князь воевод ставить нового Кокшажского города. И тое весну город Кокшагу поставили»
Город-крепость был поставлен во время присоединения Марийского края к русскому государству для надзора за местным населением. Город не имел посада, в нем располагался военный гарнизон, большинство которого составляли стрельцы. Кокшайские стрельцы в XVII веке привлекались к службе в «дальних местах» — на Дону, в Царицыне, Астрахани, Черном Яру – для защиты южных рубежей России. Кокшайск в течение почти 190 лет был административным центром уезда, для управления городом назначались воеводы, ныне село Кокшайск. 16 июля 1774 года здесь был бунтарь Емельян Пугачев с остатками своего войска после поражения под Казанью. Жители хлебом-солью встретили «царя Петра III», под именем которого выступал Пугачев.
16 июля 1869 года ознаменовано пребыванием в селе будущего императора Александра III во время его путешествия по Волге. Цесаревич с семьей, помолившись в церкви, оказали милости: пожертвовали в храм 100 рублей, крестьянам на уплату податей подарили столько же, удостоили посещением дом священника, отца И. Спасского. Александр оставил собственноручную записку о пребывании в селе. Об этих и других событиях можно узнать в Музее истории Кокшайска, который был открыт в 1994 году, в год 425-летия Кокшайска. Основатель музея – энтузиаст Э. Патрушев, ветеран педагогического труда.
С историей Кокшайска тесно связана и история памятника культуры XVIII века Покровского храма, центра духовной жизни нескольких поколений. Покровская церковь построена еще во времена основания самого города 1574 года, богослужение в ней началось через год – в 1575 году. В то время она была деревянной. Пожары неоднократно уничтожали в Кокшайске деревянные постройки, в том числе и церкови. В 1793 году на средства царевококшайского купца Ивана Ганешина был возведен новый каменный храм. Церковь двухпрестольная, с монументальной и очень пластичной архитектурой, главный ее придел освящен в честь праздника Покрова Пресвятой Богородицы, боковой – в честь Святителя Николая Чудотворца. В непростые 30-е годы XX века он был разрушен, неугасимая лампада, которая горела здесь в честь пребывания будущего русского императора ровно 50 лет, погашена.
Но наступили новые времена, церковь реставрировали. Над храмом вновь возвысились купола. Засияли кресты – знак Божьей благодати. 4 декабря 1992 года в праздник Введения Пресвятой Богородицы в храме господнем впервые после 55-летнего перерыва прошла служба. Церковь Покрова Божией Матери в Кокшайске – одна из казачьих церквей.
