Храм в честь святого благоверного князя Александра Невского находится с южной стороны монастыря. В соответствии с историческими данными, благословенная грамота «на строительство больницы с церковью во имя святого благоверного князя Александра Невского» была получена настоятелем иеромонахом Геннадием в 1810 году. Постройка храма с больницей завершилась в 1816 году, а его освящение произошло в 1817 году.
По словам известного историка–краеведа Бахмустова С.Б., «как фрагмент комплекса, Александро–Невская церковь занимала подчиненное положение, – она как бы прилагалась к Спасо–Преображенскому собору, который стоял в центре ансамбля. Макет монастыря Южная сторона комплекса начиналась башней или павильоном, как это сооружение называли некоторые архитекторы, к ней примыкал утраченный в ХХ веке келейный корпус, построенный по временной схеме, а дальше линия продолжалась вытянутой в длину Александро–Невской церковью, куб и купол которой замыкали эту часть периметра и перекликались очертаниями с угловыми башнями. По задумке зодчих, этот храм не должен был особо выделяться в чреде прочих зданий: монастырь имел только две высотные доминанты – собор и колокольню, все остальные строения обязаны были помогать им в создании одухотворенного ландшафта».
В советское время храм был почти полностью переделан и уровнен с келейными корпусами: снесены глава, треугольные фронтоны, купол. Когда в храме устроили клуб, некоторые оконные проемы заложили, и другие растесали и расширили. Фрески, иконостас и иконы были уничтожены. Перегородки, расчленявшие неф на больничные кельи и обособлявшие лекарское отделение от храма, снесены до основания. Сохранились лишь следы рустовки на фасадах и уцелела полукруглая апсида.
Верующие добились возвращение святыни в 1992–1993 годах, но реконструкция началась только в 2004 году. В результате обширных восстановительных работ Александро-Невская церковь приобрела завершенный вид. Возвращена надстройка храма, венчаемая золотой маковкой, восстановлена кровля и частично выполнена отделка фасада. Белоснежные стены, нуждающиеся в последующей росписи, новый пол, высокий купол, царские врата, иконы, церковная утварь вернули внутреннему убранству храма былое благолепие.
4 апреля 2010 года, в день празднования Воскресения Христова, после проведения ремонтных работ в храме были возобновлены службы, а в 2011 году начаты работы над пристроем к нему утраченных пономарских и послушнических корпусов.
