Иоанно-Богословская церковь является важнейшей исторической святыней столицы республики. Сегодня это — одна из древнейших достопримечательностей не только города Саранска, но и всей Мордовии, её ценная и редкая жемчужина. Храм великого евангелиста отсчитывает свою долгую историю предположительно с начала ХVII столетия. Датой рождения его нынешнего здания считается 1700 год, а по некоторым версиям — 1693-й год. Саранский храм располагается в самом центре этого старинного города, а когда-то здесь была его далёкая западная окраина. Саранск изначально строился как сильная крепость на черте пограничных засек, протянувшихся отсюда до Симбирска. Возведение крепости положило долгожданный конец частым и разорительным набегам на Русь Ногайской орды и крымчаков из соседнего Дикого поля. Именно здесь был положен водораздел войны и мира в этих прежде неспокойных краях.
Согласно историческим источникам, первые письменные свидетельства о крещении мордвы относятся к ХVI веку, а примерно к середине следующего столетия этот процесс в целом завершился, во многом благодаря появившимся местным православным храмам. Жители Саранска крепки были оружием и верой. Неслучайно первую церковь в честь великого евангелиста выстроили в 1600 году, когда даже крепостных стен ещё не возвели — в соседнем сельце Ивановском. Этим же годом датируется и образ Благовещения Пресвятой Богородицы, бывший одной из храмовых икон церкви. Стоит сказать, что сам факт наличия храма Иоанна Богослова и дата его возведения во многом проясняют историю возникновения самого Саранска, который, очевидно, строился рядом с уже существовавшими поселениями, такими как Ивановское, где к тому времени уже имелась собственная церковь во имя Иоанна Богослова. Эта церковь продолжала оставаться действующей ещё целое столетие с лишним после постройки нового каменного храма, освящённого также во имя Иоанна Богослова. Только в 1824 году она была аккуратно разобрана и с великим тщанием и осторожностью перевезена по брёвнышку в село Маколово. Население в этих краях быстро прибывало: к началу ХVIII столетия в одном лишь Саранске оно уже составило четыре тысячи человек, и каждый храм в округе был важен. Предтечей нынешнего каменного храма, который и сегодня в Саранске привычно именуют собором, стала небольшая деревянная церковь.
Зачастую точные даты постройки первоначальных зданий многих российских православных храмов теряются в веках, однако о времени возведения церкви Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова можно судить с большой долей уверенности. Местный священник и краевед Алексей Масловский свидетельствовал, что в процессе снятия покрова с престола храма в 1873 году был обнаружен антиминс из толстого холста, датированный 1600 годом. Такого рода четырёхугольный плат со вшитой в него частицей мощей какого-либо православного мученика обычно находится на престоле в алтаре для совершения полных литургий и одновременно является разрешающим их документом. На явленном антиминсе отсутствовала патриаршая подпись, но зато было указано название церкви — Иоанно-Богословская. Когда же пришла пора возводить каменное здание для Божиего дома, решено было выписать опытных мастеров из Москвы.
Впрочем, существует и другая версия — храм строили специалисты из Нижнего Новгорода. Так или иначе, им было поручено возвести новый Иоанно-Богословский собор в традициях модного тогда в отечественной архитектуре стиля московское барокко. Это направление русского столичного зодчества часто называют нарышкинским. Оно стало популярным в Россиии с конца ХVII cтолетия и характерно, в частности, широким использованием центрической композиции. Несмотря на столичное происхождение, нарышкинское барокко было распространено и в русской провинции, чему подтверждением — Иоанно-Богословский храм Саранска. Архитекторы отмечают, что нынешнее каменное здание Иоанно-Богословской церкви изначально «жило» своею собственной, обособленной жизнью. Здание было построено с ориентацией не на окружающую его архитектурную сетку Саранска и его позднейшую прямоугольную планировку улиц по европейским стандартам, а с точки зрения местной географии, по сторонам света — с запада на восток.
Год 1711-й стал знаменательной вехой в судьбе каменного храма: к основному зданию добавились новые колокольня с трапезной. В будущем Иоанно-Богословский собор обретёт и два придела. Господь уберёг свой Дом от многочисленных губительных пожаров, наиболее известные из которых пылали в Саранске в 1817, 1852 и 1869 годах. Всякий раз пламя уничтожало большую часть города, который долгое время состоял преимущественно из деревянных строений, и храм во имя Иоанна Богослова можно считать одним из немногих счастливо уцелевших свидетелей былых времён. В числе сведений, сохранившихся о нём, — данные о церковной собственности. За храмом вплоть до революционных потрясений 1917 года числились пашенные земли и лесные угодья общей площадью в 113 десятин. Штат был невелик: службы обычно проводили двое священников, один диакон и два псаломщика.
Собор благополучно миновал век ХIХ век и начало ХХ века, а вот октябрь 1917 года открыл «зелёную улицу» к откровенному и массовому разграблению православных храмов, более 47 тысяч из которых были физически уничтожены по всей стране. Варварство и вандализм в отношении христианства, царившие повсюду при полном попустительстве, а зачастую и по прямой указке властей, привели к разрушению и упадку большинства сохранившихся церквей. На фоне этого беззакония судьба уцелевшего и сохранившего свой внешний облик Иоанно-Богословского храма в Саранске кажется поистине чудом Господним. Мало кому из храмов, подобно Иоанно-Богословскому, удалось претерпеть два закрытия подряд. Впервые двери церкви закрылись перед её прихожанами в начале 1930-х годов. Официальным мотивом стало мнение партийных руководителей Саранска о том, что горожане полностью разделяют политику воинствующего атеизма, и потому число посетителей собора умньшается «не по дням, а по часам». После того как в храме окончательно прекратились богослужения, городские чиновники принялись искать подходящее применение опустевшему в одночасье просторному зданию. Однако ничего подходящего не придумали, и здание продолжало пустовать.
Спустя несколько лет после закрытия, уступая шедшим во всевозможные республиканские и столичные инстанции массовым и настоятельным письмам с просьбами верующих вернуть церковь прихожанам, Иоанно-Богословский храм был им возвращён. Однако радость оказалась недолгой. Власти вовсе не намеревались сдаваться, готовя очередной удар, однако для повторного закрытия храма за столь короткий срок требовалось убедительное обоснование. Была спешно созвана специальная комиссия с участием архитекторов, которым дали недвусмысленно понять, какого результата власти ожидают от их «вердикта». Уже в феврале 1938 года была проведена экспертиза здания, весьма спорная и тенденциозная, в ходе которой приглашённые «эксперты» вынесли безапелляционное заключение: «церковь пришла в ветхое состояние, что грозит обвалом». Ни один здравомыслящий специалист не сделал бы подобных выводов на основе ни тогдашнего, ни даже сегодняшнего состояния здания храма. Тем не менее, тогда это автоматически явилось предлогом для повторного его закрытия.
Вторично Иоанно-Богословская церковь прекратила свою деятельность в феврале 1938 года. После этого в её помещениях решено было разместить архивную документацию республиканского отдела НКВД — возможно, именно это обстоятельство и уберегло церковь от последующего разрушения. Вместе с тем в точности неизвестна судьба многих икон, находившихся перед закрытием в храме. По-видимому, они были попросту уничтожены, а в лучшем случае — пополнили экспозиции республиканского краеведческого музея. Он, в свою очередь, занял довольно просторные интерьеры Трёхсвятской церкви, тоже закрытой властями.
Снова Иоанно-Богословский храм стал действующим в суровые годы Великой Отечественной войны, начиная с 1944-го года. Именно с этого момента он оставался ещё многие годы действующим храмом во всём православном Саранске и районах ближайшей округи. Повторному открытию церкви, ставшей по сути, городским кафедральным собором, предшествовала долгая борьба прихожан и всех заинтересованных лиц. Люди не убоялись возможных преследований и риска лишиться работы, а возможно, и свободы. Православная община Саранска вновь обрела свою духовную твердыню и оплот веры.
В нелёгкую военную годину собор был нужен городу как никогда. В Саранске было размещено несколько эвакогоспиталей, смертность в них поначалу была высокой, и священники, явно или тайно, отпевали в единственном городском храме воинов, умерших от ран. В 1946 году по настоянию прихожан Иоанно-Богословский храм был основательно отремонтирован. Были заново оштукатурены стены и отреставрированы росписи внутренних интерьеров. Именно поэтому некоторые исследователи истории собора датируют его последнее открытие для верующих 1946 годом. До настоящего времени так и остались загадкой источники средств для обустройства собора, изысканные всего лишь через год после окончания войны, притом что официальный статус памятника архитектуры ХVII века федерального значения Иоанно-Богословскому собору был присвоен только пятнадцать лет спустя, в 1960-м году.
В годы послевоенного «потепления» в отношениях Церкви и Государства, пришлось восстанавливать храм всем миром, и прежде всего — собирать с миру по нитке детали внутреннего убранства. Долгое время храм никак не охранялся, были нередки случаи расхищения его ценностей, которые в основном поступали в собор из закрытых церквей города. Началом подлинного возрождения храма Иоанна Богослова, его былой славы и авторитета стали 1970 — 1980-е годы. Сюда ехали со всего Саранска и окрестностей, многие шли пешком, потому что городской транспорт не мог забрать всех желающих. Здание собора порой тоже не вмещало всех богомольцев. По рассказам священников того времени, в иные воскресные дни здесь выпадало крестить до 80 младенцев и венчать по 25 пар молодожёнов.
В 1991 году была образована Саранская и Мордовская епархия, после чего Иоанно-Богословский собор, будучи главной кафедрой её правящего архирея, получил статус кафедрального. Он пребывал в этом высоком и ответственном качестве вплоть до постройки нового кафедрального собора епархии, освящённого во имя Феодора Ушакова.
В 2002 году на территории прихода построено 2-хэтажное здание духовно-просветительского центра, на первом этаже которого находится крестильная церковь, освященная в честь Богоявления Господня 20 января 2003 года.
Главный престол храма освящен во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, правый престол – в честь Благовещения Пресвятой Богородице, левый – во имя святителя Николая Мирликийского чудотворца. В храме находится чтимый список с чудотворной Владимирской иконы Божией Матери, датируемый XVI веком.
