Одноглавая деревянная церковь относится к приходу входящего в архитектурное собрание музея-заповедника «Кижи» знаменитого Спасо-Преображенского храма Кижского погоста, в 1990 г. включенного ЮНЕСКО в Список Всемирного наследия. Однако территориально находится не на острове, а на ул. Федосовой, практически в центре г. Петрозаводска, неподалеку от набережной Онежского озера, в созданном ещё при советской власти квартале исторической застройки.
Построена, а вернее перестроена, в 1994 году из закрытой на тот момент времени часовни при бывшей земской больнице. В свою очередь, перестроенная часовня возведена в начале XX века (точная дата строительства неизвестна, но не позднее 1913 года).
Освящена в 1997 году как зимний храм Кижского прихода во имя Сошествия Святого Духа в память о разрушенном в 1936 г. петрозаводском Святодуховском соборе.
