Церковь Петра и Павла — это бывшая Больничная церковь во имя Макария Желтоводского. Монастыри в Древней Руси выполняли функцию призрения старых и немощных и имели на своей территории больничные кельи с церковью. В Печерском монастыре в начале XVII века больничные кельи с храмом были деревянными.
После возведения каменной трапезной и освобождения Вознесенского собора от утесняющих его приделов, два из которых были перенесены в больничную церковь, настоятель обители архимандрит Стефан писал Патриарху Иоасафу:»а больница де у нас деревянная ветха гораздо, и на ту больницу у них каменные запасы изготовлены».
12 марта 1652 года Патриарх Иоасаф дал архимандриту Стефану благословенную грамоту на постройку в монастыре новой больничной церкви. Но неизвестно по какой причине церковь была построена лишь спустя 35 лет, в 1687 году, при архимандрите Иоасафе, и вновь деревянною, которую освятили в честь св. прп. Макария, Желтоводского и Унженского чудотворца.
К XVIII веку храм пришёл в ветхость, и в 1738 году был проведен сбор денежных пожертвований на каменное строительство больничной церкви. Настоятели Печерского и Макарьевского монастырей архимандрит Филарет и архимандрит Иона пожертвовали по 100 рублей, а казначей Печерской обители Филагрий дал 65 рублей.
В том же, 1738 году, новая больничная церковь была построена, «каменная, холодная, одноглавая, в вид прямоугольника, длиною шесть сажень, девять вершков, шириною четыре сажени, глава на церкви каменная, церковь на восток соединена с братскими и больничными кельями». В 1858 году при епископе Нижегородском и Арзамасском Иеремии Соловьёве престол в храме был переосвящён в честь святых апостолов Петра и Павла.
