Здание, в котором располагалась церковь, некогда принадлежало известному баснописцу Ивану Андреевичу Крылову, а с 1854 года в нем размещается Училище (с 1910 г. — Институт) Святой Елены, в настоящее время школа №77 с углубленным изучением химии. В течение XIX века здание неоднократно перестаивалось различными архитекторами: Н. Ф. Монтандром, Н. М. Достоевским, Ф. Б. Нагелем, А. И. Шамбахером и другими. В настоящее время оно внесено в Список объектов, представляющих историческую, научную, художественную или иную культурную ценность.
В начале 1901 года, в присутствии вдовствующей императрицы Марии Федоровны, митрополитом Антонием была освящена училищная церковь святых Константина и Елены. В эту церковь, согласно воле наследников Великой Княгини Екатерины Михайловны, передали иконостас с иконами работы Т. А. Нефа и Ф. А. Бруни из упраздненной церкви Михайловского дворца.
Последним настоятелем и законоучителем в Еленинском институте был Николай Васильевич Розов.
