Станислав Теофилович Шацкий родился в 1878 году в селе Воронино Смоленская области в дворянской семье. Обучение проходил в 6-ой Московской гимназии в Москве. Затем, в 1893 году продолжил обучение в Московском университете, сначала на механико-математическом факультете, затем на медицинском факультете.
Не закончив университет, переводится в Петровскую (Тимирязевскую) сельскохозяйственную академию с целью получения знаний по специальности «агроном» и последующего осуществления педагогической деятельности в соответствии с идеями Л.Н. Толстого, направленными на трудовое воспитание детей. В 1905 году, не закончив Академию, покидает её.
На протяжении 1899-1901 годов проходил обучение в Московской консерватории по классу вокала, занятия проходили достаточно успешно, но Шацкий, не закончив консерватории, начал заниматься педагогикой.
Свою педагогическую деятельность С. Т. Шацкий начал с попытки создания частной школы, в чём ему было отказано, поэтому в 1905 году среди детей и подростков рабочих окраин Москвы он вместе c архитектором А. У. 3еленко и другими педагогами создаёт первые в России детские клубы.
В 1906 году он организовал общество «Сетлемент» («Поселение» — с англ.), которое в 1908 году было закрыто полицией за пропаганду социализма среди детей, а сам Шацкий арестован. С 1910 года руководит обществом «Детский труд и отдых». В 1911 году организовал летнюю детскую колонию «Бодрая жизнь».
В 1917 году состоял членом Московской городской управы, не будучи гласным городской думы. С 1919 по 1932 год по предложению А. В. Луначарского руководит работой первой опытной станции по народному образованию. В 1932—1934 годах руководил Центральной экспериментальной лабораторией Наркомпроса РСФСР и, одновременно, с 13 февраля 1932 года до своей скоропостижной смерти был директором Московской консерватории.
Умер в Москве 30 ноября 1934 года, похоронен на новом Донском кладбище.
