Владимир Маковский родился 7 февраля 1846 года в Москве. Его мать, певица Любовь Молленгауэр, преподавала в Московской консерватории. Отец, Егор Маковский, был членом Московского художественного общества и одним из основателей Московского училища живописи, ваяния и зодчества.
В семье росло пять детей. С ранних лет отец учил их рисовать. В гости к Маковским часто приходили известные живописцы того времени: Василий Тропинин, Сергей Зарянко и Карл Брюллов. Они занимались с детьми, разрешали посещать свои мастерские. Свою первую картину Владимир Маковский написал в семь лет — изобразил одного из родительских гостей. Под руководством отца начинающий художник копировал гравюры.
С 1861 по 1866 год Владимир Егорович учился в Московском училище живописи, ваяния и зодчества у продолжателя венециановской школы С. К. Зарянко и Е. С. Сорокина. Училище Владимир окончил с серебряной медалью и званием классного художника III степени за работу «Литературное чтение».
В 1869 году за картину «Крестьянские мальчики стерегут лошадей» Маковский получил звание классного художника первой степени и золотую медаль имени Виже-Лебрен за экспрессию. С рождением в 1869 году первого ребёнка, сына Александра, у Маковского проявляется интерес к детской тематике («Крестьянские мальчики», «Пастушки», «Ночное», «Возвращение с ночного»). Картина «Игра в бабки» стала первой картиной Маковского, купленной П. М. Третьяковым для своей галереи, что означало признание его как художника.
За картину «Любители соловьиного пения», которую Маковский написал в 1873 году, он получил звание академика живописи. Общество поощрения художеств наградило живописца денежной премией. В том же году картины Маковского впервые показали за границей.
Еще в 1870 году Владимир Маковский стал одним из 15 художников, которые подписали устав Товарищества передвижных художественных выставок. Среди целей этой организации были «облегчение для художников сбыта их произведений» и «развитие любви к искусству в обществе».
В 1872 году Маковского приняли в члены Товарищества, а еще через год художник вошел в правление общества. С этого момента он принимал участие почти во всех выставках передвижников. Маковский вспоминал: «Репин говорит, что нужно семь раз умереть, прежде чем написать картину. Это, конечно, так… А я семь раз умираю после того, как напишу картину… Ведь картина по России ездит, что Россия скажет, вот что главное: вот где суд!»
С 1882 по 1894 год Маковский преподавал в Московском училище живописи, ваяния и зодчества. В это время он писал иконы для церкви и часовни в Борках. В 1892 году ему было присвоено звание профессора. Вплоть до 1894 года он жил и работал в Москве в доме Дворцового ведомства у Каменного моста близ Храма Христа-Спасителя, для росписи которого сделал несколько эскизов.
С 1894 по 1918 год Маковский преподавал в Санкт-Петербурге, в Императорской Академии художеств, куда он был приглашен на должность руководителя жанровой мастерской. В 1895 году он был назначен ректором академии.
Владимир Егорович Маковский умер 21 февраля 1920 года и был похоронен в Петрограде на Смоленском православном кладбище.
