Иван Васильевич Бабушкин родился 3 (15) января 1873 в селе Леденгском Вологодской губернии в крестьянской семье. С детских лет Иван работал: сперва был «мальчиком» в лавке, затем (с 1887 по 1891 год) — учеником слесаря в торпедной мастерской Кронштадта. Летом 1891 года поступил слесарем в паровозо-механическую мастерскую на Семянниковский завод в Санкт-Петербурге, где проработал до 1896 года.
Путь Бабушкина в революцию начался в 1894 году, когда он начал заниматься в руководимом В. И. Лениным рабочем марксистском кружке. На следующий год Бабушкин уже активно работает в Петербургском «Союзе борьбы за освобождение рабочего класса». Он стал организатором новых рабочих кружков и библиотек, проводил работу не только с рабочими своего предприятия, но и на Александровском и Стеклянном заводах. В январе 1896 года арестован полицией, в феврале 1897 года — сослан в Екатеринослав (проходил по делу «Союза борьбы за освобождение рабочего класса»). В Екатеринославе продолжал революционную деятельность, помогая организовать местное отделение «Союза» (декабрь 1897 года), Екатеринославский комитет РСДРП (октябрь 1898 года) и в 1900 году — нелегальную газету «Южный рабочий». Активно сотрудничал с ленинской «Искрой»: был корреспондентом и агентом газеты.
В 1900—1901 годы в качестве агента «Искры» действовал в различных городах Российской империи (Москва, Смоленск, Полоцк, Орехово-Зуево, Иваново-Вознесенск). Под его руководством в октябре 1901 года была создана Орехово-Богородская организация РСДРП, первая в стране признавшая «Искру» своим центральным печатным органом. В декабре 1901 года Бабушкин был арестован на заседании Орехово-Богородского комитета РСДРП, в 1902 году сумел бежать из екатеринославской тюрьмы и переправиться в Лондон. В октябре того же года вернулся в Россию, участвовал в дискуссиях с «экономистами» и зубатовцами. В 1903 году Бабушкина снова арестовали и сослали в Верхоянск (Якутия). Был амнистирован в 1905 году.
Во время революции 1905 года был членом Иркутского и Читинского комитетов РСДРП, работал в газете большевиков «Забайкальский рабочий». Был одним из руководителей Читинского вооружённого восстания (с Виктором Курнатовским, Антоном Костюшко-Валюжаничем).
31 декабря 1905 (13 января 1906) года покинул Читу. Вместе с пятью товарищами сопровождал состав с оружием для рабочих Иркутска. Они были захвачены экспедицией генерала Александра Меллер-Закомельского, направленной для восстановления порядка, на станции Слюдянка. 5 (18) января 1906 года Бабушкин и его товарищи, телеграфисты Клюшников, Савин, Ермолаев и Бялых были расстреляны по приговору военно-полевого суда на станции Мысовая (ныне город Бабушкин, Бурятия).
