Монастырь основан галичским боярином Иоанном Овином во второй половине XIV века как небольшая ктиторская обитель на территории своей вотчины и первоначально именовался Никольским во имя святителя Николая Мирликийского.
В память о явлении иконы Божией матери, названной Овинской, Иоанн Овин воздвиг в монастыре храм в честь Успения Божией Матери, а сама обитель стала называться Успенской. Традиционной датой явления Овинской иконы считается 1425 год, однако современные исследователи полагают, что это могло случиться и ранее, в 1383 году.
Особую известность монастырю принесли многолетние труды подвизавшегося здесь преподобного Паисия Галичского. Поступив в монастырь, подвижник стал затем его игуменом, а затем был возведён в архимандриты. В 1460 году, пережив эпоху кровавых междоусобиц московских и галичских князей, святой Паисий преставился ко Господу и был погребён в Успенском храме обители. Уже в конце XV века монастырь, где подвизался преподобный, стал именоваться Успенским Паисиевым.
В 1642—1646 годах на месте деревянной Успенской церкви был возведен «холодный», летний, Успенский собор, несколькими годами позже — «тёплый», зимний, Троицкий храм.
В 1919 году Паисиев монастырь претерпел закрытие, хотя его храмы до начала 1930-х годов продолжали действовать как приходские.
Затем в Успенском соборе разместили инкубаторную станцию, а в Троицком храме — дровяной склад. К началу 1990-х годов монастырские храмы были заброшены, постепенно обращаясь в руины.
26 февраля 1994 года определением Священного синода Русской православной церкви Свято-Успенский Паисиево-Галичский монастырь был возрожден как женская обитель.
