Первая православная церковь появилась в Палдиски в 1721-ом году, это была небольшая деревянная церквушка. В период с 1784-го по 1787-ой года была построена новая каменная церковь Георгия Победоносца , которая была закрыта в 1939-ом году, когда город Палдиски стал военной базой Красной Армии. В годы советской власти город был закрытым объектом. Православная жизнь здесь начала возраждаться в середине 90-х годов XX-го века. Георгиевская церковь Палдиски осталась в ведении Эстонской Апостольской Православной Церкви. В 2001-ом году в городе был основан приход, который принадлежал Московскому Патриархату, деятельность которого была зарегистрирована в 2001-ом году. В этом же годк власти города пошли навстречу пожеланиям верующих и передали в лоно церкви небольшое деревянное здание, в котором ранее находился городской музей. В 2002-2003-ем годах здание было перестроено в маленькую деревянную церковь с луковичным куполом, внутреннее убранство составляют современные иконы.
