Церковь построена в 1776-1782 годах на средства орловского помещика коллежского регистратора Б.М. Федорова-Кошеверова на Борисоглебском кладбище, образованном в 1772 году. В 1778 году кладбище было упразднено, а церковь обращена в приходскую. Из-за близости ее к присутственным местам и дому губернатора с 1786 по 1841 год была соборной церковью (малый собор). Ее посещали императоры Александр I, Николай I, Александр II, другие члены императорской фамилии, здесь проходили торжественные богослужения по случаю различных замечательных событий. В 1818 году в ней крестили писателя И.С. Тургенева.
В 1841 году во время большого пожара церковь сгорела, но вскоре была восстановлена. В 1923 году решением местных властей церковь была передана под клуб юных пионеров, однако через два года возвращена верующим. Окончательно закрыта в 1929 году. В ней размещались мастерские педтехникума, а затем и пединститута. Накануне войны здание церкви служило складом орловского гарнизона. Церковь сгорела в ночь на 4 октября 1941 года. Сегодня на ее месте находится медслужба УВД.
Адрес медслужбы УВД (место бывшей церкви): г. Орел, ул. Салтыкова-Щедрина, 37, (бывшая Борисоглебская ул.).
