В самом начале 1861 года оренбургский епископ Антоний II (1858–1862) направил в Оренбургскую духовную консисторию предположения об открытии в Оренбурге первого мужского монастыря. Вначале планировалось сделать пристройку к оренбургскому Архиерейскому дому, в которой можно было бы поместить около 20 монашествующих и церковь, но Архиерейский дом не имел земельных угодий, мельниц или рыбных ловлей и прочих источников для содержания монашествующих и поддержания церкви и монастырских зданий. Однако некоторые оренбургские граждане, желая обеспечить Архиерейский дом и мужской монастырь при нём, посоветовали обратиться в Городскую Думу с просьбой уступить так называемую «Протопоповскую луку» за Маячной горой на берегу реки Сакмары во владение предполагаемому монастырю «в вечное поминовение богоспасаемому граду Оренбургу». Городская Дума на этот раз нашла «совершенно невозможным исполнить пожелание Его Преосвященства». И в начале 1864 года Дума (в лице кандидата гласного Баландина) отвечала на просьбы, что не согласна «отдать известковые копи и берег реки Сакмары».
Назначенный попечителем устраиваемого монастыря монах Архиерейского дома Палладий не один год неотступно убеждал городское (и торговое) общество помочь монастырю отводом земли «на Маячной горе от дачи помещика Караваева <…> вверх по горе и вдоль яру до того места, где к оному подходит река Сакмара и противу этого места овраг с лесом и левый берег реки…». Попечитель успокаивал городские власти, что им не придётся тратиться на сооружение самого монастыря, это будет заботой епархиального начальства.
Наконец летом 1864 года Городская Дума сообщила «приговор оренбургского городского общества о согласии уступить из городской выгонной земли в количестве 10 дес… от бывшего Пугачёвского редута до места летнего госпитального лагеря… (ибо) для города по щебенетскому грунту участок пользы не приносит, а монастырской обители удобно пользоваться водой, только чтобы монашествующие не стесняли сплаву леса…».С получением участка земли был назначен попечителем по строительству монастыря монах Архиерейского дома Палладий, которому выдали сборную (для пожертвований) книгу сроком на один год и приходо-расходную книгу, чтобы он представлял ежегодно отчёты по ним в консисторию. Из-за тесноты для братии в Архиерейском доме Палладию позволили приступить к постройке на пожертвованной земле деревянного дома с церковью внутри и необходимых служб, чтобы эти здания «обращены были в монастырь, когда последует разрешение на открытие его, а до того считать оные загородным Архиерейского дома».
2 марта 1865 года Епископ Оренбургский и Уральский Варлаам (1862–1866) подал отношение Святейшему Синоду «О построении при городе Оренбурге православного мужского монастыря» с пояснением конкретной необходимости открытия монастыря в Оренбурге, кроме религиозных целей, указывая на следующие причины:«1. При малочисленности в Оренбурге священников, которые притом почти все заняты законоучительскими должностями, и по неимению семинарии епархиальное начальство встречает немало затруднений в выборе лиц на епархиальные должности. С открытием же монастыря старшие из монастырской братии… могли бы участвовать в делах епархиального управления.2. По условиям здешнего (пограничного) края бывают по временам от начальства местных войск требования священников в военные отряды, находящиеся постоянно в степи, или временно назначенные в пограничные местности… при недостатке в епархии священников эти затребования крайне затруднительны, а по устроению здесь монастыря появилась бы возможность назначать в такие командировки монашествующих…3. Монастырь здесь необходим и для временного помещения священнослужителей, подвергаемых по суду эпитимии. Искус этот они ныне вместо монастыря, как бы следовало по уставу консистории, проходят при кафедральном и уездных соборах, или при Крестовой церкви Архиерейского дома, в котором для жительства им не имеется места и при таком их размещении нет возможности следить за образом их жизни, а от этого и цель искуса их не вполне достигается».
Владыка далее пояснял, «что монастырь в Оренбурге может быть устроен благотворительными приношениями местных жителей, которые уже пожертвовали… до двух тысяч рублей серебром, небольшой иконостас для церкви, часть утвари церковной и колокол, и оренбургское градское общество уступает под постройку монастыря близ Оренбурга десять десятин выгонной земли. Средствами же к содержанию монашествующих может быть сверх частных приношений от усердия жителей: сказанный участок городской земли, на которой трудами монашествующих может быть разведено огородничество, к отводу пахотной и сенокосной земель не откажут обители.
Монастырь я полагал бы устроить общежительный с архимандриею, а числом братий по штату для первоклассных монастырей, т.е. 33 монахами и таким же числом послушников, а наименовать оный по городу здешнему Оренбургским, а по предполагаемому главному храму в честь Святаго Духа – Богодуховским… не угодно ли будет Святейшему Синоду штат какого-либо из недостаточных монастырей другой епархии хотя бы 3-го класса перевести в здешнюю обитель для прочнейшего существования оной». На отведённом участке попечитель начинающегося монастыря Палладий заложил деревянную церковь «в честь Рождества честнаго и славнаго пророка, предтечи и крестителя Господня Иоанна».25 ноября 1866 года был получен Указ Императора Александра II о разрешении учредить в Оренбурге мужской монастырь с наименованием этой обители Оренбургским Богодуховским монастырём по правилам нештатных монастырей старшей братии, по окончании устройства монастыря и назначении ему класса, с обязательным заведением при нём благотворительного или воспитательного учреждения.
В 1867 году по ходатайству епископа Митрофана (1866–1879) на содержание монастыря, вместо просимых мельницы и рыбной ловли, выделено из Госказначейства по 600 руб в год, а позднее, в 1873 году, уже при настоятеле монастыря Паисии отведён участок для монастырского огорода внизу горы, напротив дач Матвеева и Дрейер. С конца 1867 года настоятелем монастыря был назначен архимандрит Паисий, затем и.д. настоятеля иеромонах Григорий, потом управляющим монастырём был иеромонах Евстратий.
Решение устроить богадельню для престарелых и безродных священников (вместо училища из-за дальности расположения монастыря от города) задерживалось за недостатком у монастыря средств. Крайняя бедность не позволяла монастырю достойно благоустраиваться. Особенно удручающим фактом стало отсутствие монастырской гостиной, когда 24 июня 1871 года на храмовый праздник Рождества святого Иоанна Предтечи пришло ещё с вечера много богомольцев из окружающих деревень, вёрст даже за 70, но все они должны были провести ночь на дворе под открытым небом.
В монастыре было только 8 маленьких келий, в которых могло жить не более 12 человек. Средств не было ни на строительство жилых помещений, ни на содержание лишних 5–8 иеромонахов, необходимых для отправления в степные укрепления и с военными отрядами в походы. Степные укрепления по нескольку лет не видели у себя священников, оставались без крещения рождающиеся младенцы, умирающие переходили в вечность без покаяния и напутствия Святыми Таинствами и их хоронили без должного христианского обряда. Если в разных местах губернии, особенно западных её частях, где проживало немало помещиков, монастыри довольно быстро обустраивались благодаря пожертвованиям дворян и крестьян, то в Оренбурге бросалось в глаза равнодушие жителей города (казаков, мещан, купцов, чиновников) по отношению к монастырю: «Могущие благотворить – не хотят, желающие – не могут». Все эти плачевные обстоятельства для Православия, и без того не сильного в крае, вынудила настоятеля архимандрита Паисия обратиться в 1871 году за поддержкой к генерал-губернатору Н.А. Крыжановскому. Правитель края вошёл в положение бедствующего монастыря и обратился за содействием к обер-прокурору Правительствующего Синода.
В 1885 году при монастыре открылась школа. В 1901 году было построено трёхэтажное здание для миссионерской школы с интернатом на 40 человек – мальчиков-инородцев (крещёных башкир, татар и мордвы). В доме находилась домовая учебная церковь. Рядом расположились две деревянные дачи и подсобные строения. Содержалась школа на средства Священного Синода – по четыре тысячи в год и на капитал, завещанный вдовой казачьего полковника М. Новокрещеновой.
В мае 1900 года в виду крайней недостаточности средств для содержания монастыря и по малочисленности в нём братии было решено настоятеля и насельников Иоанно-Крестительского Богодуховского мужского монастыря перевести в Успенско-Макарьевскую общежительную обитель с возведением её во 2-й класс и с выделением ей суммы в 1192 руб. 25 коп., ассигнуемой из казны Богодуховскому монастырю, и о причислении монастыря в качестве заштатного к оренбургскому Архиерейскому дому.
По резолюции Преосвященного Владимира (1896–1903) от 30 мая 1900 года ближайшее заведование монастырём поручено иеромонаху Маркеллу для очередных служб и совместно с другим иеромонахом Арсением и иеродиаконом Антонием и четырьмя послушниками для выполнения поминовений и других обязательств упразднённого монастыря. Двоих, игумена Макария и иеромонаха Исаакия, следовало послать в Уральский монастырь ради крайней малочисленности там братии на пользу службы. Остальную братию и указных послушников Богодуховского монастыря велено перевести в течение июня в число братии Успенско-Макарьевского монастыря.
В 1901 году при Богодуховском монастыре открыт миссионерский стан со школой и интернатом для крещения инородцев (татар, башкир, чувашей, мордвы). Монастырь служил летней резиденцией местных иерархов. Монастырь имел 415 десятин пахотной и сенокосной земли в 25 верстах от Оренбурга. По страховой ведомости 1903 года Богодуховскому монастырю на Маячной горе принадлежало: две деревянных церкви (вторая из них с двумя колокольнями), пять жилых домов, амбар, служебные помещения. К ведомости прилагался план монастыря с подробным «описанием» многочисленных его строений.
Новый Архиерейский дом (вместо обветшавшего первоначального на месте загородной дачи генерал-губернатора) был заложен в 1865 году и закончен постройкой в 1868-м (при епископе Варлааме и генерал-губернаторе А.П. Безаке). Владыка Варлаам составил план обустройства дома так, чтобы приспособить его к архиерейской жизни: «Внутри двора построить каменный двухэтажный дом длиной 15 сажень и шириной 9 сажень, главным фасадом к дороге, идущей в город. В верхнем этаже поместить Крестовую церковь и при ней ризницу и покои для архиерея, а именно: приёмную для посетителей, зал, гостиную, столовую, кабинет, библиотеку, спальню, буфет и келейницкую». В нижнем этаже: канцелярскую, кухню и баню для архиерея с подвалом и погребом на земле, шесть келий для монашествующих, с перегородками в каждой на три покоя. Для них две кладовые и сарай для дров. На северной стороне двора построить одноэтажный флигель лицевой стороной на двор. В нём поместить кухню, хлебную и трапезную для монашествующих, кладовые, подвал и погреб. Также предполагалось, по представлению владыки, разобрать все ветхие строения: конюшню, каретник, амбар и поставить их на каменную основу. Старый дом, занимаемый консисторией, покрыть железом и отремонтировать внутри. В нём должны были поселиться певчие (24 человека). Всю усадьбу Архиерейского дома надлежало обнести дощатым забором.
Городской архитектор Мацулевич получил от губернатора задание составить проект и смету построек. В 1865 году подрядчики, оренбургские купцы Попов и Алексеев, приступили к строительству, и в 1868 году оно было завершено.
В 1912 году воздвигли кирпичную на каменном цоколе Крестовую церковь во имя свт. Митрофания, Воронежского чудотворца, и двухэтажную пастырскую миссионерскую школу. При Архиерейском доме был детский приют во имя свт. Иоасафа Белгородского; содержался он на средства Сестричного братства.
Все постройки монастыря были разрушены в первые же годы советской власти. Разрушение Богодуховского монастыря власти объясняли тем, что он стоит на том месте, где нужно построить теплоэлектростанцию (для которой на горе Маяк было много пустующих мест). Были разрушены и снесены: Иоанно-Предтеченская церковь, пять домов для проживания насельников, амбар, ледник, кухня, каретник и сарай, а также построенные в 1911 году два флигеля (одноэтажный и двухэтажный для монашествующих), кухня с сараем и погребом. К двухэтажному зданию миссионерского стана произвели пристройку и разместили там контору треста.
В настоящее время территорию Оренбургского Богодуховского монастыря занимает ОАО «Оренбургская теплогенерирующая компания» (ул. Манежная, 26). Сохранилось здание бывшего миссионерского стана и часть монастырской ограды. Так же, как и Богодуховский монастырь, все строения, относящиеся к Архиерейскому дому, были снесены. Разрушена Никольская церковь (бывшая Митрофаньевская). В основном здании – Архиерейском доме ныне размещена горбольница №2. Внешний вид здания, некогда великолепной архитектуры, до сих пор остаётся изменённым.
Авторы: С.Е. Сорокина, О.Ю. Боброва, http://baklykov.info/pravoslavie/orenburgskij-muzhskoj-bogoduhovskij-monastyr.html