15 (27) июня 1865 года указом Императора Александра II на основе Главного управления путей сообщения и публичных зданий образовано Министерство путей сообщения.
Первым министром путей сообщения стал генерал-лейтенант ПАВЕЛ ПЕТРОВИЧ МЕЛЬНИКОВ (1804-1880) — учёный-механик и инженер, автор книги «О железных дорогах» — первого в России учебного пособия по железнодорожному транспорту; один из авторов проекта железной дороги Санкт-Петербург — Москва.
За время его управления ведомством сеть российских железных дорог увеличилась на 7062 км. П. П. Мельников также стал разработчиком первых в России технических условий проектирования станций.