Нёбдино расположено на правом берегу реки Вычегда. Нёбдино – Нёбдiн, название связано с гидронимом Нёбью (коми Нёбдiн, возле устья реки Нёб). Первые сведения о Нёбдино сообщает нам переписная книга 1646 года. По косвенным данным можно предположить, что Нёбдино возникло не перед переписью 1646 года, а еще перед предшествовавшей ей переписью 1628 года, то есть в 1608–1628 годах. В 1669 году два брата из Нёбдино основали неподалеку на Вычегде починок, получивший название Михеевской (по имени одного из братьев). В 1672 году на Вычегде появился починок Евсиевский, первым жителем которого также стал выходец из Нёбдино Евсей Савин Тимошев с пятью сыновьями. В начале 18 столетия в Нёбдино построили деревянную церковь (каменная появилась в 1819 году). Из деревни этот населенный пункт стал погостом. В 1719 году в нем имелось 8 крестьянских дворов, двор священника и двор церковного дьячка.
Часовня Воздвижения Креста Господня построена в 1895 году. Просуществовала в Нёбдино до 50-х годов ХХ века.