Музей в Новороссийске основан 7 июля 1916 г., по инициативе Л.А.Сенько-Поповского – вице-губернатора Черноморской губернии, как Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа. Торжественное открытие экспозиции состоялось 27 декабря 1916 г. Главным источником средств на содержание и развитие музея были добровольные пожертвования лиц, сочувствующих процветанию музея.
С установлением Советской власти в Новороссийске музей перешёл в ведение Городского Совета. В организации его работы принимали участие и пополняли его коллекции режиссер В.Э.Мейерхольд и писатель Ф.В.Гладков. С 1921 по 1933 г.г. сначала хранителем, а затем заведующим музеем был Чайковский Георгий Федосеевич, автор многих статей о древностях Анапы и Новороссийска, делегат всех съездов археологов Северного Кавказа. «Главнаукой Новороссийский музей был отнесен к разряду музеев научно-художественных… и внесен список государственных с закреплением за ним предоставленного ему здания, но в виду местного значения музея, передан на иждивение местных средств с возложением на него однако обязанности представлять в Главнауку ежегодный отчет о своей деятельности».
К началу Великой Отечественной войны Новороссийский краеведческий музей был крупным научно-просветительным учреждением Кубани. Его фонды насчитывали около 7000 экспонатов, научно-историческая библиотека – 44 500 книг. Экспозиция музея располагалась в шестнадцати залах.
В годы Великой Отечественной войны музей потерял почти всё. Помещения были разрушены, фонды разграблены, погибла научная библиотека. С помощью учителя Г.П.Алексаняна только несколько ящиков с частью археологических коллекций и документального фонда успели эвакуировать в г. Тбилиси.
Музей начал своё возрождение с января 1944г. Директор музея В.М. Миронова усиленно добивалась выделения пригодного помещения, город лежал в руинах. К маю 1944г. горисполком подыскал помещение в одном из уцелевших домов по ул.Коммунистической. В сентябре вернулись эвакуированные в Тбилиси экспонаты, а 7 ноября музей открылся для посетителей. В экспозицию вошли не только сохранившиеся экспонаты, но и собранные после освобождения города. К концу 1947 г. в фондах музея уже было 4435 экспонатов, в библиотеке – 200 книг.
В 1952 г. музей получил часть своего довоенного помещения по ул.Советов, 40 и в июле 1953 г. открыл новую экспозицию. В 1954 г. под руководством археолога-антиковеда, доктора искусствоведческих наук, Владимира Дмитриевича Блаватского начались раскопки Раевского городища. Благодаря интересам учёных Института Археологии Академии наук СССР к древним поселениям на Чёрном море, археологические исследования в районе Новороссийска стали регулярными. Продолжила работу Блаватского в 60-70гг. кандидат исторических наук ИА АН СССР Надежда Анисимовна Онайко. В её экспедициях в течение 20 лет работали сотрудники нашего музея. Сегодня многие исследования проводятся совместно с сотрудниками института археологии РАН.
В 1958 г. музей переехал в большое (по тому времени) помещение по ул.Советов,58. Здесь 16 сентября 1960 г. были торжественно открыты новая экспозиция музея в десяти залах и диорамный триптих «Освобождение Новороссийска от немецко-фашистских захватчиков. 1943 г.». Автор триптиха – известный художник панорамист Н.Г.Котов.
Инспектором краевого управления культуры И.В.Шевченко музей по структуре экспозиций, фондам и дальнейшим возможностям был отнесен к категории историко-краеведческих.
В 1971 г. была открыта мемориальная экспозиция: «Оружие и боевая техника периода Великой Отечественной войны», на которой представлены образцы боевой техники и оружия, а также реликвии, найденные на местах боев за Новороссийск.
В 1977 г. решением Новороссийского горисполкома музею были переданы: дом по ул.Васенко, 21, где в 1926 – 1928 гг. жил и работал Н.Островский, автор романа «Как закалялась сталь»
«КП НВМБ и КП 18 армии»
В том же году музей получил часть исторического здания по ул.Советов,40, где был открыт выставочный зал. Это стало значительным событием в культурной жизни города. Новороссийцы и гости города смогли познакомиться с уникальными выставками из центральных музеев страны, творчеством местных фотографов и художников, коллекционеров.
За прошедшие годы значительно увеличились фонды музея – сейчас они насчитывают более 150 тыс. музейных предметов основного фонда. Они дают полноценную и разностороннюю картину истории развития Новороссийска и района с момента первых поселений людей на этой территории до сегодняшнего дня.
Археологические коллекции насчитывают более 25 тыс. предметов и продолжают пополняться благодаря ежегодным археологическим экспедициям отдела археологии музея-заповедника.
Собрание изобразительных источников включает фронтовые рисунки известных художников Л Сойфертиса, Б.Пророкова, В.Цигаля, П.Кирпичева, экслибрисы Ф.Молибоженко, живописные полотна новороссийских художников, запечатлевшие улицы и дома города, Цемесскую бухту и живописные окрестности Новороссийска.
Вещевой фонд насчитывает более 8 тыс. единиц хранения – предметы быта новороссийцев с конца прошлого века до наших дней. Это мебель и одежда, посуда и изделия декоративно-прикладного искусства. За прошедшие годы среди разных вещей сложились небольшие, но интересные коллекции: часов, самоваров, швейных машин, торговых весов, музыкальных инструментов и фотоаппаратов, стрелкового и холодного оружия.
Письменные источники – около 70 тыс. единиц составляют самый многочисленный фонд нашего музея. К особо ранним документам относятся архивы церкви Константиновского укрепления за 1861 – 66 г.г. и Николаевской соборной церкви за 1868 – 1910 г.г., полицейский архив за 1870 – 1907 г.г., документы Екатерининского почтового управления в Новороссийске за 1867 – 1868 г.г.
Сформировались коллекции документов по истории I русской революции, установления советской власти и гражданской войны, по всем проблемам и темам развития советского общества на местном материале. Самое большое собрание документального фонда – по истории Великой Отечественной войны. В нём материалы о многих частях и соединениях воевавших здесь, более 4тыс. персональных дел ветеранов, фронтовые письма, благодарности Верховного Главнокомандующего, комплекты военных газет «Новороссийский партизан», «На страже», «Красный Черноморец» и др. В фотофонде – подлинные фотографии фронтовых корреспондентов Е.Халдея, Н.Асниной, И.Кушнаренко.
В 1982 г. в городе был создан Государственный музей 18-й армии, в состав которого вошли мемориальные комплексы: «Героям гражданской войны и Великой Отечественной войны 1941 – 1945 гг.» и «Долина смерти».
28 октября 1987 г. принято решение о создании на базе музея истории города, музея 18-й армии и памятников, входящих в их состав, Новороссийского государственного исторического музея-заповедника, сейчас ГУК КК «Новороссийский исторический музей-заповедник».
В настоящее время Новороссийский исторический музей-заповедник — второй по величине музей Кубани, центр патриотического, эстетического и нравственного воспитания подрастающего поколения.