6 июня 1780 г. иеромонах Феофан обратился письменно к настоятелю Киево-Межигорского монастыря архимандриту Гавриилу и монастырскому духовному собору, что «соборная деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца совершенно обветшала и пришла в негодность, то и служение в ней совершать нельзя». Изложив сие, он просил архимандрита Гавриила и духовный собор позволить ему построить в монастыре такую же новую церковь с тем, чтобы на освящение ее было нужное благословение.
Но благословение, равное как и самое разрешение на постройку храма, зависело от Святейшего Правительственного Синода. 10 августа 1780 г. Святейший Синод на имя настоятеля Межигорского монастыря дал Указ, что Пустынно-Николаевскому Самарскому монастырю разрешено вместо обветшавшей деревянной Николаевской церкви построить новую и «по построении освятить дозволить». Обрадованный, иеромонах Феофан собрал на строительство храма 2856 рублей. Особые вкладчики были старики: бывший кошевой полковник Филипп Феодоров, Феодор Золотарь, Феодор Стовба и другие.
Между тем явился новый благотворитель, именно лейб-капитан священник Кирилл Тарловский, в народе называли его «Диким Попом», вероятно от того, что помогал осваивать запорожцам новые земли, строить селения и воздвигать в них церкви. Он предложил построить Свято-Николаевский храм не деревянный, а каменный с пределом святых мучеников Кирика и Иулитты, мотивируя тем, что Святейший Синод не указал, какую церковь именно строить: деревянную или каменную. На этом условии он вызвался построить ее собственным и единственным коштом. Межигорский духовный собор согласился с мнением священника Кирилла Тарловского и позволил строить в монастыре каменную церковь и келию для упокоения его, о чем также просил отец Кирилл.
9 мая 1782 г. началось строительство Свято-Николаевского храма, которое продолжалось около пяти лет. В четвертую неделю Великого поста, 7 марта 1787 г. был освящён новый каменный Николаевский собор с приделами в честь святителя Николая Чудотворца, иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость» и во имя святых мучеников Кирика и Иулиты взамен деревянного храма. Обряд освящения новопостроенного храма совершил настоятель монастыря иеромонах Феофан по благословению Преосвященного Амвросия, архиепископа Екатеринославского и Таврического.
Монастырский храм Николая Чудотворца построен в стиле барокко. Имеет в плане крестообразную форму. Здание было увенчано одной большой главой. Её разобрали в годы богоборческой власти.
В храме погребен священник Кирилл (Тарловский,†1784). Под полом главной монастырской Свято-Николаевской церкви, особо устроенной усыпальнице, в четырех отдельных гробах почивали прахи Екатиринославских святителей: Афанасия (Иванова) †18 августа 1805 г., Платона (Любарского) †20 апреля 1811 г., Иова (Потемкина, племянник знаменитого князя Потёмкина) †28 марта 1823 г. и Онисифора (Боровика) †20 апреля 1828 г.
К середине 1920-х г.г. монастырь начали заселять инвалидами гражданской войны. Из года в год их число увеличивалось, и в 1929 г. (по другим источникам в 1930 г.) монастырь был окончательно закрыт и передан под дом инвалидов. Братию же выселили из монастыря и расстреляли. Колокольня при монастыре (самая высокая на территории Украины) была взорвана, а главный храм обители — Николаевский собор с приделами — был переделан под театральный зал. Другие храмы на территории монастыря переделали под хозяйственные здания.
После 2001 г. территория Пустынно-Николаевского монастыря полностью освобождена и передана Украинской Православной Церкви. В настоящее время Николаевский храм используется по назначению.
Самарский Пустынно-Николаевский монастырь
