Церковь во имя Николая Чудотворца в Нижмозере упоминается в Переписных книгах 7154-7155 гг. (1646-47 гг.): «Волость Нижмозерская за Соловецким монастырем. На погосте церков Николая чудотворца…». В 1661 г. была построена Никольская церковь (сгорела в 1970-х гг.). Вторая, тёплая, церковь построена в 1871 г., вместо сгоревшей. В ней было 3 престола: главный — во имя апостола Фомы, южный — в честь Успения Божией Матери, северный — во имя свт. Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. В 1888 г. — 534 прихожанина. По свидетельству онежского иконописца Григория Федоровича Максимова, в 1790 г. он и Иван Иванович Богдaнов-Карбатoвский (1716, дер. Корбатовская Архангелогородской губ.- 16.07.1801, дер. Чекуевская (Чекуево) Онежского у. Архангельской губ.) описывали в Ворзогорском приходе тёплую церковь, затем работали в Кяндском приходе в холодной церкви, «потом в Нижмозерском и Архангельской округи в Яренском; Онегской же округи в Пурнемском, Кушерецком, Нименском, Чекуевском и Мондинском приходах. В продолжении таковыя в сих приходах работы мой учитель скончался».
В 1884 году в Нижмозерском приходе открыли школу грамоты, помещавшуюся в трапезной теплой церкви. В 1894 году в ней учились 23 мальчика и 7 девочек. В 1913 году церковь потребовала ремонта. Относительно ремонта благочинный свидетельствовал, что, по его мнению, Нижмозерская церковь в архитектурном и археологическом отношении не представляет собой ценности, однако Архангельский епархиальный церковно-археологический комитет в 1913 г., рассмотрев представленные чертежи, напротив, отметил её архитектурную и археологическую ценность и отметил, что при нужном ремонте необходимо сохранить её в настоящем виде и не заменять деревянного покрытия каким-либо другим. В 1914 году епископ Архангельский и Холмогорский Нафанаил благодарил: 1) нижмозерского крестьянина Георгия Петрова Сампсонова за пожертвование 150 руб. на Нижмозерскую церковь; 2) жительницу Архангельска Елизавету Авдеевну Селянинову за пожертвование 90 рублей на Нижмозерскую церковь; 3) Евдокию Семёновну Каменскую за пожертвование полного священнического парчового облачения стоимостью 80 рублей; 4) Марию Ивановну Блинникову за пожертвование 80 рублей; 5) Прихожан Нижмозерской церкви Онежского уезда казначея Павла Алексеева Сампсонова, церковного старосту Кузьму Степановича Телова, прихожан Петра Кузьмича Мосеева Василия Степановича Калинина Федора Алексеевича Пяткова Егора Петровича Сампсонова Петра Васильевича Сампсонова Иллариона Алексеевича Сампсонова Ефимью Михайловну Резину за оказанные ими труды по ремонту храма Нижмозерского прихода.
В 1997 г. Никольская церковь в селе Нижмозеро указом Президента исключена из числа объектов федерального значения.
Родионов А.В. Материалы по истории Нижмозерского прихода Онежского уезда Архангельской губернии
http://parishes.mrezha.ru/library.php?id=14
