Свято-Духовская церковь, прежде чем была обращена в домовую, стояла отдельно в саду Губернаторского дома. Она построена была вместо прежней деревянной церкви, устроенной в 1574 г. опальным новгородским дворянином, в монашестве Порфирием, сосланным в Нижний Новгород царем Иоанном Грозным. Вместе с церковью Порфирий построил около нее и монастырь.
К концу XVII св. монастырь и церковь пришли в ветхость, и вместо ветхой деревянной церкви была построена новая каменная церковь, в которую перенесены были из старой и все иконы. В 1764 г. Свято-Духовский монастырь был упразднен, и церковь сначала была обращена в приходскую, а потом в 1798 г., по повелению императора Павла, она была отдана для служения единоверцам. В 1836 г. по повелению императора Николая I Свято-Духовская церковь была приписана к дому губернатора, а вместо нее единоверцам отдана была Симеоновская церковь. После сдачи Духовской церкви гражданскому ведомству она была ремонтирована и снаружи почти заново переделана по проекту архитектора Тона, но после своей переделки она недолго стояла на этом месте: скоро в ней стали появляться большие трещины вследствие осадка горы, подмываемой подземными ключами, и ее пришлось разобрать.
В 1845 г. Свято-Духовская церковь была устроена уже в самом Губернаторском доме в одной из зал третьего этажа, где находится и теперь. Сюда были перенесены из разобранной церкви иконостас и все иконы, какие могли поместиться. В 1849 г. стены и потолок церкви были украшены лепною работою. На месте разобранной Свято-Духовской церкви в саду в 1855 г. была построена деревянная, а в 1877 г. – каменная часовня, в которой и помещены некоторые старинные вещи из утвари, оставшиеся без употребления.
В нынешней Свято-Духовской церкви находятся древние иконы, оставшиеся от прежних церквей: Св. Троицы в балдахине или сени над престолом в алтаре; Нерукотворенного Спаса; Смоленской Божией Матери и св. Николая Мирликийского.
М. Добровольский «Краткое описание Нижегородских церквей, монастырей и часовен», Нижний Новгород. Типография Губернского Правления, 1895 г.
Трехэтажный военно-губернаторский дом находится прямо против северной стороны Преображенского собора. Он начат постройкой в 1837 и кончен в 1841 году. …Третий этаж занят жилыми комнатами и церковью Святого Духа, которая устроена в зале, выходящем на северо-восточный угол дома. Она была освящена 18 сентября 1845 года, преосвященный Иоанн, епископ Нижегородский и Арзамасский (ныне архиепископ Донской) совершал в ней первую литургию.
Вследствие высочайшей воли … иконостас в этой церкви поставлен из прежней разобранной церкви (храм Святого Духа бывшего Духова монастыря – Е. Х.), только верхи его были сняты сообразно вышине зала. Иконы в ней все вообще старинного письма и украшены серебряными вызолоченными ризами; из них самые примечательные по своей древности:
1. Местная икона Николая Чудотворца, старого новгородского стиля; нижняя часть этой иконы от времени обветшала.
2. Богородицы Одигитрии, также местная и того же стиля. Весьма вероятно, что эти две иконы поставлены в старом храме еще самим Порфирием (опальный новгородец, основатель Духова монастыря, иконостас главного храма которого был перенесен в военно-губернаторский дом – Е. Х.).
3. Икона Владимирской Богородицы – вклад в Духов монастырь 1685 года.
До 1849 года церковь имела вид обыкновенной комнаты с иконостасом; в этом же году под непосредственным наблюдением князя М. А. Урусова отделаны стены церкви и потолок лепной работой, повешено богатое паникадило и устроены чугунные вызолоченные клиросы.
Храмцовский Н. И. Краткий очерк истории и описание Нижнего Новгорода. Нижний Новгород, 1998, с. 247.