Николо-Комаровский скит-подворье появился на карте Астраханской епархии в 2004 году молитвами и трудами игумена Петра и братии Ивановской обители по благословению Высокопреосвященнейшего Ионы, архиепископа Астраханского и Енотаевского. Находится скит в 30 км от обители в Камызякском районе Астраханской области, и путь в него лежит через паромную переправу на реке Старая Волга.
Иоанно-Предтеченский монастырь выкупил полуразрушенный студенческий лагерь и островок. Это был огромный пустырь с несколькими зданиями, непригодными для проживания. Оградив территорию лагеря забором, братия и трудники взялись сначала за ремонт помещений, а затем за восстановление водопровода, электроснабжения и газопровода. После завершения строительства бывший студенческий лагерь стал называться скитским подворьем монастыря.
Шёл 2004 год. По благословению архиепископа Ионы началось возведение домовой церкви с колокольней, для чего в бывшем студенческом корпусе соединили несколько комнат. Церковь освятили в честь образа Богородицы «Неупиваемая чаша». Из города Серпухова специально привезли сюда список с этой чудотворной иконы. В этой новой обители владыка Иона благословил быть сестричеству. В скиту появились первые монахини, мать Анисия Захарова и мать Мария Широбокова. Церковь Божией Матери «Неупиваемая чаша» исполняет роль не только скитского, но и приходского храма. Прошло семь лет, и теперь на службу в скит прихожан из окрестных деревень собирает звон колоколов недавно построенной здесь звонницы.
7 июля 2005 года в короткой истории только что устроенного скита произошло событие, вселяющее надежду на то, что его история будет долгой и богоугодной, на том самом островке, на одиноком холме был воздвигнут крест в обозначение места будущей церкви в честь пяти Святителей Московских. Крест этот особенный: ему более ста лет. Во время реконструкции кафедрального собора Покрова Пресвятой Богородицы он был снят с одного из его куполов. По благословению архиепископа Ионы его доставили в скит.