В ноябре 1906 г. Николай II писал своей матери Марии Фëдоровне:
«Я всё ещё боюсь за доброго Столыпина. Вследствие этого он живёт с семейством в Зимнем и приходит с докладами в Петергоф на пароходе. Я тебе не могу сказать, как я его полюбил и уважаю его».
Такие слова о своих министрах можно было услышать от сдержанного Николая II крайне редко. П. А. Столыпин также глубоко уважал государя.
По свидетельству А.И. Гучкова, в отличие от многих министров, Столыпин не позволял себе в чем-либо осуждать царя.
