Основатель обители – митрополит Стефан Яворский, уроженец Правобережной Украины, откуда его родители переехали в с. Красиловку в округе Нежина, ради верности Православию – в обстановке, когда после Хмельниччины и Руины власть католической Польши была вновь утверждена над Правобережьем, затем – слушатель Киево-Могилянской Академии и католических школ, постриженник Киево-Печерской Лавры, учитель в родной Академии и настоятель Николо-Пустынного монастыря в Киеве, участник посольства Киевского митрополита к Российскому патриарху, талантливый проповедник, автор ряда известных богословских трудов, с 1700 года правящий архиерей Рязанской епархии и местоблюститель патриаршего престола при замене царем Петром I патриаршества в Русской Церкви на синодальное управление, существовавшее до 1917 года.
Желая употребить жертвуемые ему по разным поводам средства на богоугодное дело, владыка Стефан решил построить каменный храм Благовещения Пресвятой Богородицы в Нежине, где настоятелем Свято-Николаевского собора служил в 1702-1730 годах его брат протоиерей Павел Яворский. Закладка церкви состоялась в 1702 году. В 1704 году владыка Стефан заключил строительный контракт с зодчим Григорием Устимовым. Уже во время работ, в своих бумагах иерарх оговаривался, что хочет устроить при храме монастырь. В победе Петра I над шведами под Полтавой в 1709 году владыка Стефан увидел еще один мотив к созданию храма с обителью: «Отныне да будет памятник в Нежинском монастыре о победе». С 1712 года архипастырь не раз присылал в храм Евангелия в окладах, напрестольные кресты и священные сосуды. При освящении храма 22 июля 1716 года с участием владыки Стефана, Киевского митрополита, а также Черниговского и Переяславского архиереев, состоялось официальное учреждение монастыря, который получил название «Назарет Богородицы». Новая обитель была наделена землями, ее настоятель удостаивался звания архимандрита. О своем детище владыка Стефан заботился до самой кончины, присылая новые вклады деньгами и утварью.
Чувствуя приближение к вечности, владыка Стефан в 1721 году передал монастырю свою богатую библиотеку. Отсылая ее в обитель, он написал в одном из каталогов книг латинские стихи, где есть строки: «Идите, книги! Счастливой дороги! Питайте умы других! Вы доставляли мне сладость и удовольствие. С вами, о книги, мне было приятно жить! Вы составляли мое богатство, славу мою, мой рай, мое утешение. Вы доставили мне знаменитое имя, через вас снискал я любовь великих мужей! Уже не держать мне вас больше в руках: другая, Вечная книга пред взором моим предстает, – ее хочет открыть мне Господь, Который придет». В состав каталога входит и «Тестамент» со словами: «Даю же сии книги мои тому монастырю с сим намерением, дабы в нем была своя библиотека для ученых иеромонахов, которые бы могли наставлением сих книг с Божиею помощию Слово Божие проповедати и народ поучати, не в словесех премудрости, но в силе духа, и не себе проповедающе, но Христа распята, себе же образ добрых дел людем представляюще, яко Божия слуги». В том же «Тестаменте» дана инструкция о хранении книг: «Дабы место удобное на тые книги усмотрел, или нарочно устроил, не деревянное, но каменное с затворами железными для огненного случая. Мне видится на трапезе палату сделать с полицами довольными и там оные держать за крепким замком»; «Усмотреть доброго и благой совести монаха или иеромонаха тогож монастыря постриженца и поставить его библиотекарем, или над книгами прилежным дозорцем, чтоб незабвенно надсматривал книг, и когда бывает ветер, чтоб затворы оконные отворял для провевания книг, чтоб не погнили, и не близко при стене каменной оные держал, бо от мокроты каменя кирпичного скоро погниют»; «Когда бывает ведро летом, выносить оные книги из библиотеки верными послушниками, при добром дозоре, и просушивать на солнце, не все разом, но по части: того дня – тые, иного – иные, и хранить всячески от гнилости и моля»; «В библиотеку никому не входить кроме архимандрита и библиотекаря, и кому верному они соизволят для послушания»; «Никому же от оных книг не давать, кроме тех, которые в том же монастыре труждаются в проповеди… под реестром, с подкреплением их руки».
Уже перед самой кончиной, 15 ноября 1722 года владыка Стефан направил в обитель последний денежный взнос с завещанием, в котором велел расписать храм, «как почали в алтаре», окончить трапезную церковь и помещение библиотеки, построить богадельню и «колокольню с большими часами для угодия всему городу». Не все замыслы иерарха были исполнены: его книги служили ученым монахам, но не в Нежине, а в Коллегиуме при Покровском монастыре Харькова, куда библиотеку перевезли по указу правительства в 1731 году.
В 1749-1756 годах архимандритом обители был о. Митрофан Горленко – родич свт. Иоасафа Белгородского. При о. Митрофане в 1750 году сгорела трапезная. В том же году, в ходе ремонта, настоятель построил каменный корпус келий. В 1757 году обитель частично пострадала от городского пожара.
В 1797 году монастырь был опустошен большим внутренним пожаром. После него обитель предполагалось закрыть, но нежинцы убедили правительство сохранить прежний статус монастыря. Капитальный ремонт обители осуществил управлявший ею в 1803-1823 годах архимандрит Виктор Черняев – болгарин, уроженец Черногории и воспитанник Киево-Могилянской Академии. Описание монастыря 1867-1868 годов гласит:
«Святитель Стефан и архимандрит Виктор неразлучны в народной памяти: первый – создал, второй – воссоздал эту святую обитель».
Являя пример подвижничества и возвысив благочестие среди братии монастыря, о. Виктор обратил на себя внимание многих жертвователей, с участием которых, а также на свои средства, сумел привести обитель в новое благолепие. Невзирая на досадный конфликт с правящим архиереем, отрешение от должности и выезд на родные Балканы, о. Виктор оставил о себе благодарную память в сердцах нежинцев, а сложившийся при нем облик монастыря не претерпел существенных изменений до рубежа XIX-XX веков.
В советское время обитель была закрыта, ее постройки использовали светские учреждения, главный храм пришел в аварийное состояние, другие строения также сильно обветшали. В 1999 году началось возрождение монастыря.
