Невельский историко‐краеведческий музей был открыт в городе Невельске Сахалинской области 29 июня 1989г. История создания музея связана с именем губернатора Сахалинской области Игоря Павловича Фархутдинова, который тогда был председателем Невельского городского исполнительного комитета. В 1987 г. он внёс предложение о необходимости создать в городе краеведческий музей. Первым директором музея был Александр Сергеевич Шамраенко. На начальном этапе фонд музея был небольшим – всего 209 единиц экспонатов, а сам он располагался в двух квартирах на первом этаже жилого дома. Большую помощь при организации музея и комплектовании его фондов оказали Сергей Валерьевич Горбунов, археолог и краевед, передав в музей археологические коллекции и предметы этнографии, и Иван Александрович Коваленко (в начале 1990-х — директор музея), который широко занимался просветительской деятельностью, он презентовал музею свои статьи и материалы по краеведению. 29 июня 1989 г. историко‐краеведческий музей принял первых посетителей.
На протяжении всего периода становления музея жители района активно оказывали помощь музею, приносили предметы музейного значения. Фонд быстро пополнялся предметами преимущественно по трем направлениям – морская фауна, археология и этнография корейского населения района.
5 сентября 2014 года состоялось открытие МБУК «Невельский историко-краеведческого музей», который переехал в новое здание.
В настоящее время, кроме научно‐просветительской и культурно‐массовой работы, музей осуществляет и издательскую деятельность.
