Нелькан как село известно с 1816 года. В 1851 году Неькан уже был статусным селением, он был станцией Аянского казенного почтового тракта. Первыми переселенцами в этих краях стали крестьяне-старообрядцы из Забайкалья.
В 1852 году среди жителей и близлежащих поселений начинается сбор средств на строительство часовни. Через десять лет, в 1862 году она была построена, а в 1864 году ее освятил сам архиепископ Камчатки и Алеутский Иннокентий. Долгие годы на всем Аянском тракте существовали только две церкви- одна в Аяне, другая в Нелькане. Когда часовня в Нелькане сгорела, на пожертвования местных прихожан была построена церковь. Но и ее поглотил огонь. Храм, который сегодня красуется в центре Нелькана, был построен в 1914 году, освящен в сентябре 1915 года. В 1902 году была открыта церковно-приходская школа, учительствовал в которой священник Василий Мальцев.
С приходом советской власти приход временно держался, т.к. в связи с ликвидацией безграмотности была задействована церковно-приходская школа для обучения жителей Нелькана. Дети учились в ней с 1927 по 1933 год, пока не была построена новая школа на берегу Маи. Сама церковь была заброшена, но не разрушена. В конце 90-х годов ХХ века было принято решение о ее восстановлении.
В ходе восстановления церкви, когда пришлось в 2002 году менять фундамент и выправлять наклонившееся здание, был найден у восточной стены закладной камень. На котором были выбиты такие слова: «во имя Отца и святого Духа основана сия церковь в честь и память Благовещенья Пресвятой Богородицы при державе благочестивейшего и самодержавнейшего господина нашего императора Николая II в святительство Мелетия, епископа Якутского и Вилюйского в лето от Рождества по плоти Бога Слова 1914 августа 26 дня. Аминь».
Уже более 10 лет церковь в Нелькане радует прихожан своим колокольным звоном, который гласит о том, что тяжелые времена для прихода закончены.
Судьба небольшой деревянной церквушки на северо-востоке Хабаровского края самобытна, знатна по родословной, богата историей и в то же время трагична. Нельканская церковь была построена в 1916 г. по образцовому проекту на месте старой церкви, сгоревшей в 1910 г. До этого действовала часовня. В 1864 г. Нельканскую часовню осматривал сам архиепископ Камчатский и Алеутский Иннокентий, который по предписанию Синода шел из Якутска для обозрения Охотских и Камчатских церквей. Её построили на пожертвования местных жителей и служивых людей, в списке которых голова Эжанского рода Александр Карамзин, начальник Аянского порта Кашеваров, казак Иннокентий Решетников, Егор Новогородов, сын Прокопия Новогородова, того казака, который вместе с Григорием Ципандиным в 1818 г. организовали запасный магазин и с этого момента жизнь в урочище Нелькан ни на один день не прекращалась.
В материалах экспедиции 1903 г. горный инженер В.Е. Попов так описывает первый храм знаний в Нелькане: «Селение Нелькана состоит из 12-15 домов, расположенных покатом к реке берегу Маи. Выше по склону горы вытянулась параллельно реке единственная улица, с небольшими рубленными домиками; еще выше за линией домов, небольшая церковь, еще не вполне отстроенная. Возле церкви большой, отстроенный в этом оду, дом для церковно-приходской школы, помещавшейся до сего времени в доме священника отца В. Мальцева». В 1903 г. среди 245 венков грамотных было 2 человека. Специально для церковно-приходской школы был построен большой дом. С одной стороны было учебное помещение, с другой стороны жилые вартиры в два этажа. Школа была просторной, с огромной печью в центре и бывали дни, когда на ней грелись по 10-12 ребятишек». Когда пришла Советская власть и в 1926 г. было принято решение об организации сельской избы-читальни, церковно-приходская школа приютила первых школяров.
Нельканская церковь младшая сестра столичного Храма Христа Спасителя, так как «отцом» обоих храмов был знаменитый архитектор Константин Тон, именно по проекту этого архитектора и была построена в Нелькане церковь. В 1928 г., после установления в Нелькане советской власти, церковь была закрыта, в помещениях церкви разместился Ревком. Имущество церкви было конфисковано. В годы становления Советской власти священник Нельканской Благовещенской церкви Михаил Голомарев самолично составлял опись конфискуемого имущества, так как председатель правления СовРевКома был неграмотным.
По воспоминаниям старожилов, почти все было вывезено за пределы района, но самый большой колокол был слишком тяжёл и его просто утопили в близлежащем болоте по Тоттинской дороге. Другой колокол висел под сводом колокольни бывшего храма, обращенного в сельский дом культуры, до конца 1950-х г.г., когда был сброшен и долго валялся расколотым у крыльца церкви. Вместо креста над бывшим храмом был водружён люминесцентный фонарь. С могилы священника Василия Мальцева, бывшей в ограде церкви, сняли надгробный памятник, сбили крест, нарисовали красную звезду, и приспособили как памятник красногвардейцам-чекистам, погибшим в годы Гражданской войны. Здание церковноприходской школы также изъяли и устроили в нём первую советскую школу в селе. О сохранении здания храма заботились мало — оно служило клубом-домом культуры несколько десятилетий, до конца 1980-х г.г.
В середине 1930-х г.г. храм реконструирован и приспособлен под сельский клуб. В 1991 г. церковь была отреставрирована в соответствии с первоначальным видом для филиала Хабаровского краеведческого музея.
