Музей был создан 10 июня 1989 года по Решению Нейского горисполкома. С 01 января 1990 года музей вошел в состав Музея-заповедника «Ипатьевский монастырь», с 10 августа 2005 года Нейский филиал входил в состав Костромского государственного историко-архитектурного и художественного музея-заповедника, 02 июля 2018 года создано муниципальное казенное учреждение «Нейский краеведческий музей».
Первым директором музея, собирателем и основателем будущих коллекций музея был Юрьев Альберт Афанасьевич и Новожилов Иван Александрович, первый смотритель музея, участник Великой Отечественной войны, награжденный двумя орденами Кранной Звезды, Орденом Отечественной войны 1ст. , Медалью Жукова, «За оборону Сталинграда» и многим другим.
Наибольший интерес у посетителей музея вызывают предметы быта, фото, документы периода 1900—1960 годов. Особые эмоции вызывают документы и фото 1930—1950 годов, коллекции игрушек, самоваров, фарфора, стекла, керамики, часов, граммофонов-патефонов, нумизматики, колокольчиков, утюгов, предметов домашнего обихода, бляхи коновала, мода послевоенного времени.
Фонды музея представлены постоянно-действующими экспозициями и выставками, расположенными на двух этажах музея. В фондах музея имеются коллекции, нумизматика, бонистика, фалеристика, фарфор, стекло, керамика, измерительные приборы и механизмы, бытовой и художественный металлы, фото, фоно, ткани, игрушки,живопись.
