Первоначально планировалось поставить часовню в Пустозерске, однако на это не было получено разрешение. В то же время властями города был предоставлен земельный участок для строительства старообрядческого храма, здесь и была установлена данная часовня. Позже возле часовни была построена Никольская церковь. На городище в Пустозерске в память о Пустозерских мучениках была установлена другая более просторная часовня в 2012 г.
