Храм был открыт примерно в 1992–1994 гг. как приписной к Нарвскому Воскресенскому собору. На заседании Синода ЭПЦ МП 16.04.2010 было принято решение о переводе прихода в статус юридического лица. Митрополит Корнилий благословил открытие самостоятельного прихода, назначив настоятелем иерея Василия Куприянова и поручив ему подготовить документацию к регистрации.
Церковь была основана на первом этаже многоэтажного каменного здания общежития Нарвского колледжа Тартуского университета. В 1991-ом году под церковь были перестроенв два складских помещения общежития тогдашней Нарвской высшей школы. Общая площадь церкви составляет 82,5 кв.м. Алтарь был освящён в честь Кирилла и Мефодия. Поначалу службы здесь проводились главным образом для студентом и гимназистов и до 2010-го года церковь функционировала как приписная церковь при Нарвском Воскресенском соборе. В 2010-ом году на заседании Синода ЭПЦМП и при благословении митрополита Корнилия было принято решение об открытии самостоятельного и независимого прихода равноапостольных Кирилла и Мефодия, а также было запланировано строительство нового церковного здания для прихода.
