В 1744 году императрица Елизавета Петровна, путешествуя в Киев для поклонения Киево-Печерским мощам, изволила пожертвовать Белобережской пустыни две тысячи рублей ассигнациями. На эти средства к 1747—1759 годам на Святых воротах пустыни была построена каменная церковь во имя святых Захария и Елисаветы. Впоследствии той же императрицей были пожертвованы потир, дискос, звездица и лжица для этого храма.
Архитектура и отделка надвратной церкви была довольно простой. Центральный объём, имевший форму, близкую к кубу, был расширен к западу и востоку невысокими и примерно равными по размеру трапезной и алтарной частью. Пологий гранёный купол венчала маленькая главка на небольшом барабане. В конце XIX века внешняя сторона надвратной церкви, как и прилегающая часть ограды, была украшена живописью на библейские темы.
