В северной стене каменной ограды Спасо-Прилуцкого монастыря находится прежний главный въезд в обитель — так называемые Святые ворота с небольшой надвратной церковью Вознесения Господня, построенные вскоре после соборного Спасского храма. Они оформляют въезд в монастырь со стороны дороги на Архангельск, Кириллов и Белозерск. Святые ворота, Вознесенская церковь над ними и часть каменной стены являются древнейшей частью монастырской ограды, возникшей в конце XVI века, когда все остальные стены с башнями были еще деревянными. Позднее Вознесенская церковь и Святые ворота оказались включенными в кольцо крепостных стен XVII века и кажутся как бы встроенными в эти более поздние каменные стены.
Первоначально, в 1590 году, церковь была освящена во имя Святого Великомученика Феодора Стратилата, покровителя русских в ратном деле, оберегающего от врагов вход в обитель, и называлась так до XIX века. Существует предположение, что она была освящена в честь ангела царя Федора, сына Ивана IV, вступившего на престол в 1584 году, и, возможно, каким-то образом способствовавшего строительству в Спасо-Прилуцком монастыре. В XVIII и начале XIX века вследствие бывших в монастыре пожаров церковь сильно пострадала и находилась в таком состоянии до 1815 года, когда и была переосвящена во имя Вознесения Господня.
Надвратная церковь Федора Стратилата, Вознесения Господня, неоднократно перестраивалась, однако современные реставрации вернули церкви первоначальный вид, и в настоящее время она вновь обрела то важное значение в архитектурном ансамбле Спасо-Прилуцкого монастыря, которое ей придавалось с момента сооружения. Вознесенский надвратный храм очень прост по композиции и в то же время оригинален. Его кубический объем по образцу древнейших надвратных сооружений Руси лишен алтарных апсид, этого типичного элемента церковного здания. Завершает храм одна световая глава, первоначально водруженная на два ступенчато-пирамидальных яруса кокошников, кровля изменена на купольную в 1815 году. Кокошники не отвечали конструкции сводов и являлись декорацией, усиливающей стройность силуэта всей постройки.
Колокольня надвратной церкви, в монастырских описях 1684-1693 годов значится, что близ надвратной церкви Вознесения Господня, расположенной в северной стене каменной ограды Спасо-Прилуцкого монастыря, была пристроена каменная часовня, в которой висели колокола. На часовне были установлены колесные боевые часы, возможно, перенесенные из соборной колокольни.
В 1729-1730 годах часовня была переделана в небольшую колокольню, которая ныне располагается рядом с Вознесенской церковью над крепостной стеной. Четырехгранная призма колокольни, украшенная полуколонками и кокошниками на углах, с легким восьмериком звона завершается вытянутым шатром и главкой. Несмотря на позднейшее происхождение, колокольня надвратной церкви возведена еще в традициях древней Руси.
В августе 1990 года была передана церковной общине надвратная Вознесенская церковь, в 1991 году открыт мужской епархиальный монастырь. Сейчас храм освящен.
