История музея восходит к далеким 1920-м годам и связана с научно-исследовательским обществом «Саха кэскилэ» (Будущее якутов), в котором секцию искусства с самого начала возглавляли выдающиеся деятели национальной культуры, литературы и искусства П. А. Ойунский и А. И. Софронов. 8 ноября 1928 года состоялось открытие картинного зала при Областном краеведческом музее. В 1946 году картинный зал был преобразован в Якутский музей изобразительных искусств. В 1970 году музею было присвоено имя профессора М. Ф. Габышева. В 1995 на его базе был создан Государственный музейный художественный комплекс «Национальный художественный музей Республики Саха (Якутия)» с четырьмя филиалами по области. Собрание музея включает коллекции отечественного и зарубежного искусства XVI – XX вв.
Самая значительная часть собрания – коллекция искусства Якутии XVIII – XX вв. – живопись, графика, скульптура, народное и декоративно-прикладное искусство. Уникален раздел якутской резной кости – промысла, известного с XVIII столетия. Это богатейшее наследие народных мастеров. Обширна коллекция традиционного национального искусства: художественного металла, резьбы по дереву, изделий из бересты, плетения из конского волоса, узорочного шитья и бисерной вышивки по меху и ткани.
Искусство ХХ вв. представлено всеми видами и жанрам, стилями и направлениями, включает монографические разделы ведущих художников и графиков Якутии. Постоянная экспозиция размещена в основном трёхэтажном здании музея в центре города, где представлены в наиболее полном объёме коллекции изобразительного искусства Якутии, декоративно-прикладного творчества, произведения известных художников русского и отечественного искусства ХVII – ХХ веков.