В 1897 году городская дума на одном из заседаний рассмотрела вопрос «О преобразовании мужской гимназии в полную гимназию и постройке здания для неё. В то время прогимназия располагалась в частном доме купца Г.И. Чувалджи, которое сохранилось до наших дней (ул. К. Маркса, 49).
26 марта (7 апреля) 1898 года общее присутствие Черноморской губернии вынесло решение «…позаимствовать 5000 руб. из записного капитала, имеющих поступить на постройку здания Новороссийской мужской гимназии…». 27 апреля (9 мая), спустя месяц, Городская Дума отвела на землях военно-инженерного ведомства, занимавшего территорию бывшего Константиновского укрепления (ныне территория парка им. В.И.Ленина), место для постройки.
С преобразованием 1 (13) июля 1898 года мужской про гимназии в восьмиклассную классическую гимназию, её директором стал Федор Владимирович Лях. При его содействии, поддержке и руководстве к концу 1900 года новое здание гимназии по улице Дмитриевской (ныне ул. Энгельса) было построено.
Проект выполнил московский инженер – архитектор Лукашевич. Крупное двухэтажное здание, необычное по размерам и красоте, сооружено в симметричном плане. Красные кирпичные стены удачно сочетаются со светлыми архитектурными деталями. Все учебные помещения четко спланированы. Красивая парадная лестница вела на второй этаж, где находились: красивый актовый зал на 500 мест с выходом на балкон и такой же, не менее прекрасный, рекреационный зал для отдыха гимназистов во время перерывов между уроками. На втором этаже находились и домовая церковь. По воспоминаниям давней жительницы города Новороссийск Т.С. Новак, в домовую церковь приводили и учениц женской гимназии. «…По одну сторону стояли мальчики, а по другую девочки – шла служба…». При мужской гимназии находилась квартира директора.
В 1904 году Ф.В.Лях вышел в Городскую Думу с предложением пристроить к основному корпусу гимназии гимнастический зал «…для занятий в нем учеников правильной гимнастикой…». Однако, из-за высокой стоимости проекта (15000 руб.), выполненного архитектором К.В. Гержманом, оно было отклонено. Строительство гимнастического зала было осуществлено позже; он стал не только местом организации в 1912 г. знаменитого Новороссийского футбольного клуба «Олимпия», но и на долгое время спортивной базой города!
Новороссийская мужская гимназия относилась к числу крупных и красивых городских зданий и неоднократно изображалась на цветных и черно-белых открытках разных издательств. Учебный год в мужском здании до 1920 года продолжался 240 дней с 16 августа по 1 июня.
Предметы изучающие в мужской гимназии:
Закон Божий
Русский язык
Славянский и словесность
Латинский
Греческий
Немецкий
Французский
История
География
Математика
Чистописание
Гимнастика
Рисование
Примечание: в женской гимназии дополнительно изучались: педагогика, рукоделие, пение.
Гимназия была элитным учебным заведением, только 5% детей принимали из разночинцев и только одаренных.
В 1920 году мужская гимназия была преобразована в 1-ю советскую школу 2-ой степени (т.е. среднюю), а в гимнастическом зале разместилась секция спорта Всеобуча. В 1925 году школу реорганизовали в 3-ю Советскую трудовую школу, с 1928 г. она носила название фабрично – заводской девятилетки (ФЗД №3), а спустя четыре года, стала средней (смешанной) школой № 3 с десятилетним образованием.
Во время Великой Отечественной войны (1941 – 1945 гг.) здание школы №3 было одним из последних пунктов обороны города. Здесь с 1 по 8 сентября 1942 года размещался штаб Новороссийского оборонительного района под командованием контр- адмирала С.Г.Горшкова. Во время боев за город здание сильно пострадало.
После освобождения города восстановлением здания занимался трест «Новороссийскстрой». 1 сентября 1948 года двери теперь уже женской средней школы №3 широко распахнулись. Она имела « ..16 светлых и удобных классных комнат, 3 кабинета физики, химии и естествознания, пионерскую и комсомольскую комнаты, школьный буфет и другие служебные помещения…». В конце 1950- х годов женская школа № 3 снова стала смешанной.
Многие выпускники школы разных лет стали видными деятелями страны и города. В. Нестеров и Г. Мар стали докторами медицинских наук, П. Коганов, Ю. Иванюк, К. Мацютин – известные специалисты в области музыки, Р. Новаков – лауреат Государственной премии, Г. Петрова – Герой Советского Союза. Учились в школе №3 В.И.Сердюк, директор художественной школы и наш известный историк К. Крымпоха.
С 1981 г. в здании размещался школьный учебно – производственный комбинат (УПК). С 1990- х гг. и по настоящее время здесь располагается технико – экономический лицей.