Великоустюгский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник сегодня, это многопрофильный музейный комплекс. На балансе музея-заповедника 27 памятников федерального значения, 15 из них музеефицировано. Особую ценность представляют собор Успения Пресвятой Богородицы XVII–XVIII веков, собор Прокопия Праведного XVII–XIX веков, Михайло-Архангельский собор XVII века, Троицкий собор Троице-Гледенского монастыря XVII–XVIII веков, церковь Вознесения XVII века, церковь Симеона Столпника XVIII века, церковь Дмитрия Солунского XVIII века. В интерьерах храмов сохранились резные золочёные многоярусные барочные иконостасы XVIII века.
В 2007 году завершено создание современного депозитария, хранилища музейных фондов. Здесь разместились собственно хранилища, экспозиции открытого, то есть доступного для посетителей, хранения, реставрационные мастерские и лекционно-выставочный зал. В фондах хранится более 114 тысяч предметов, нередко уникальных. Музей-заповедник обладает редкими коллекциями иконописи, культовой скульптуры, этнографии, нумизматики, черни по серебру, резьбы и росписи по бересте, редких книг и документов.
В структуре музея-заповедника 5 музеев, Музей истории и культуры Великого Устюга, Музей этнографии, Музей древнерусского искусства, Музей природы, Музей новогодней и рождественской игрушки, а также фондохранилище. В каждом музее и в фондохранилище Вам предложат не только традиционные экскурсии, но и интерактивные занятия, мастер-классы, пользующиеся неизменной популярностью.
В залах музея ежегодно открывается более 10 новых выставок, постоянно обновляются экспозиции. Объектом музейного показа являются также памятники архитектуры XVII–XVIII веков с сохранившимися иконостасами и монументальной живописью.
Основные направления деятельности музея, реставрация памятников архитектуры, хранение и научная обработка фондовых коллекций, научно-исследовательская, экспозиционно-выставочная, научно-просветительная работа.
Фондохранилище Великоустюгского музея-заповедника, единственное в Вологодской области, отвечающее всем требованиям хранения музейных коллекций. За проект «Реставрация памятника архитектуры XIX века и начала XX века «Усадьба Чебаевских» и создание Фондохранилища Великоустюгского государственного историко-архитектурного и художественного музея заповедника творческий коллектив музея удостоен государственной премии Вологодской области в сфере культуры и искусства за 2008 год.