Музей природы расположен во флигеле главного здания музея, бывшего дома купца Г.В. Усова. Экспозиция знакомит с животным и растительным миром Русского Севера. Экспозиция «Живое прошлое Земли» интерактивная. Посетители смогут собрать конструктор-макет скелета ящера парейазавра, сложить пазлы и узнать, как выглядел ящер дицинодонт, поиграть в кубики и выяснить, какие животные жили в ледниковый период. Здесь можно провести свои первые палеонтологические раскопки и найти зуб мамонта, кость ледникового животного, различные окаменелости.