Музей был основан в 1980 году и является объектом культурного наследия республиканского значения. Прошлое Елабуги, богатое именами и событиями, представлено в экспозиции «Елабуга. На пути к тысячелетию». Археологические материалы и исторические документы рассказывают о возникновении болгарского поселения городского типа, о занятиях жителей села Трехсвятского, основании уездного города Елабуги в составе Вятского наместничества и развитии в нем купеческого сословия.
В августе 2007 года в великолепном особняке купца Николаева открылся новый музейный комплекс, который совместил разные по направлению и тематике проекты в рамках одного подразделения. Экспозиция Музея истории города посвящена 1000-летней Елабуге и прекрасной природе этого древнего города. Работают интерактивные ремесленные мастерские, музей-театр «Трактир» с русской кухней и выставочный зал.Ежегодно комплекс посещают более 60 тысяч туристов.
