Музей истории Красноярского района создан постановлением главы администрации Красноярского района № 1093 от 09.08.1999 года. Согласно решению администрации Красноярского района № 953 от 1 августа 2001 года он носит официальный статус муниципального музея.
В 2001 году открыт отдел природы и археологии. Его концепция была разработана совместно с Самарским областным историко-краеведческим музеем имени П. В. Алабина. В 2002 году по результатам исследований архивных документов была проведена поисковая экспедиция в село Старая Бинарадка. Установлено место нахождения лагеря и кладбища немецких военнопленных.
Музей истории Красноярского района содержит всю историю, которая представляет интерес для жителей Красноярского района. В конце 90-х годов прошлого века был образован оргкомитет, функция которого заключалась в том, чтобы организовать работы по созданию музея. Возглавил оргкомитет методист районного центра детско-юношеского творчества Брыков Юрий Васильевич. В оргкомитет вошли: Кузюрина Валентина Алексеевна, Сидоров Иван Кириллович, Косырева Наталья Ивановна, Пеннер Юрий Андреевич, Бушов Алексей Геннадьевич, Жаднова Светлана Николаевна. Начиналась работа с обращения в музеи России европейской части, где проходили боевые действия в годы Великой Отечественной войны. Письменные обращения были направлены на установления мест захоронения красноярцев, погибших в годы ВОВ. Большинство музеев откликнулись и прислали документы, это помогло нам в создании фондов Красноярского района, в основном о Великой Отечественной войне. Под музей было передано помещение районной школы площадью более ста квадратных метров.
Параллельно с этим проходила научно-исследовательская экспедиция по Красноярскому району. Проводилась она сотрудниками музея, руководителями школьных краеведческих кружков и объединений. Директор Красноярского музея истории Брыков Ю. В. ездил в командировку в город Волгоград. В штабе Волгоградского регионального поискового отряда были согласованы условия и сроки участия красноярцев в военно-полевой экспедиции по поиску погибших бойцов на полях сражений под Сталинградом. С 2002 года по 2004 год были проведены четыре экспедиции, подняты и перезахоронены останки 200 бойцов.
Первыми экспонатами музея являлись: одежда, воспоминания, документы, фотографии. Сохранить память – первостепенная задача, побудившая к действиям по пути к созданию музея. Для пополнения фондов музея и патриотического воспитания населения Красноярского района в рамках межрегиональной акции – мемориал «Память», было организовано четыре военно-полевых экспедиции в Волгоградскую область и одна в Смоленскую область. В них приняло участие 50 человек.
В 2003 году совместно с Самарским областным историко-краеведческим музеем имени П. В. Алабина музеем была произведена реконструкция исторической битвы на реке Кондурча между среднеазиатским завоевателем Тимуром Тамерлан и ханом Золотой Орды Тохтамышем, послужившей началом заката государства Золотая Орда.
По результатам этнографических экспедиций был составлен и предоставлен в Департамент культуры Самарской области кадастр памятников исторического, архитектурного и природного значения. Результатом научных изысканий является открытие уникальных материальных исторических и природных памятников, сыгравших большую роль в становлении и развитии Красноярского района. Памятник учителю Серафимову, убийство которого послужило толчком к революционным событиям 1905 года и установлению Старобуянской республики; захоронение середины XIX века с. Хилково; останки редута Ново-Закамской оборонительной линии в селе Гундоровка.
С целью выявления природных памятников и изучения архитектурно-исторических памятников на реке Сок по инициативе музея истории Красноярского района организована водная экспедиция. В ней приняли участие 18 членов детского молодежного объединения «Красноярский краевед». Собранные материалы легли в основу книги «Путешествие по р. Сок» и разработке социально-творческого заказа «Кондурча – река бобров». По материалам экспедиции разработаны туристические маршруты активного водного и пешего туризма по территории Красноярского района.
В 2004 году организована военно-поисковая экспедиция в поселок Красный городок «Раковский интернат для инвалидов ВОВ». В интернате в период с 1941 года по 1949 год проживало ежегодно по 500 человек. Попытки найти прямых участников тех дней не увенчалась успехом, но были записаны воспоминания сотрудников интерната конца 40-х, начала 50-х годов. Записан видеосюжет о Раковском женском монастыре, архитектурном памятнике XIX столетия. В экспедиции приняли участие 26 человек из объединения краеведов сел Красный Яр, Большая Раковка, поселка Волжский.
Зимой 2004–2005 годов снят фильм о радиостанции им. Попова, которая была построена в тяжелые годы войны. В результате сбора материала были найдены бывшие позиции зенитных батарей, они располагались вокруг пос. Новосемейкино и радиостанции. В музее организована экспозиция о радиостанции.
В этом же году была открыта экспозиция «Модели военной техники 1941–1945 годов и начала XXI века», посвященная 60-летию Победы в Великой Отечественной войне. Активное участие в клеевой сборке моделей приняли жители села Красный Яр. В апреле–июне сотрудниками музея отснят видеоматериал о 45 участниках Великой Отечественной войны и тружениках тыла 1941–1945 годов, о военных объектах, расположенных на территории Красноярского района в годы войны. В ходе отбора материала познакомились с летчиком, воевавшим в небе над Югославией, Амосовым Петром Михайловичем и получившим медаль «За освобождение Белграда».
9 мая в селах Красный Яр и Белозерки прошла презентация пилотного проекта видеофильма «Эх, дорожки фронтовые«, как и где встретили 9 Мая – День Победы 1945 года участники фронта, труженики тыла. Полностью фильм показан к 61 годовщине Победы в Великой Отечественной войне.
В рамках фестиваля «Музейный пикник» в городе Тольятти проведена выставка «Скобяная лавка Стекольщикова». На фестивале «Битва на реке Кондурча» продемонстрирован макет Красноярской крепости.
Музей приобрел коллекцию акварельных рисунков художника РФ Гайнуллина К. Ю. Тема рисунков – природные и памятные места Красноярского района.
