Музей истории открыт для посетителей 30 ноября 1979 года. Экспозиция музея, насчитывающая свыше полутора тысяч экспонатов, знакомит посетителей с двухсотлетней историей Казанского федерального университета. Основной раздел посвящен науке – исследованиям и открытиям, научным школам, принесшим университету всемирное признание. Большое внимание уделено выдающимся ученым, знаменитым выпускникам, участию университета в общественно-политической жизни страны.
В структуре музея, кроме основной экспозиции, размещенной в бывшей университетской церкви, мемориальный комплекс, созданный под руководством доктора исторических наук профессора Г. Н. Вульфсона, аудитория юридического факультета и актовый зал, где воспроизведены интерьеры второй половины XIX века.