Территория музея размером 139,8 га включает в себя несколько секторов: Каргопольско-Онежский, Двинской, Пинежский, Мезенский. В настоящее время создаются «Поморский» и «Важский» секторы. Однако, часть строений очень ветхая и ожидает реставрации, а потому закрыта для посещений.
Музей, основанный в 1964-ом, с 1983 года является членом Ассоциации европейских музеев под открытым небом. С 1996 года «Малые Корелы» включены в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
В экспозиции музея находятся около 100 гражданских, общественных и церковных построек, самые ранние из которых датируются XVI веком (колокольня из села Кулига Дракованова) и XVII веком (Вознесенская церковь из села Кушерека и Георгиевская церковь из села Вершина). Среди экспонатов — крестьянские, купеческие избы, амбары, колодцы, изгороди, ветряные мельницы, баня и т. п. Постройки для перемещения на территорию музея раскатывались по брёвнам, а затем заново собирались уже на территории Малых Корел.
Музей назван по имени находящейся неподалёку деревни Малые Карелы. Чуть далее, на горе, находится деревня Большие Карелы. Часто возникают споры о правильном написании названия – «Корелы» или «Карелы».
В названии музея, как и населённого пункта, отражён факт проживания на территории Беломорья в XII—XIV веках угро-финского племени корелы, именем которых славянские поселенцы, заселившие эти территории, и назвали деревню. Для сравнения можно привести находящийся неподалеку Николо-Корельский монастырь, названный по имени Корельского (Никольского) рукава Северной Двины.
Также, в пользу версии написания названия музея через «о», говорит название речки Корелка (в настоящее время — река Корелы), протекаюшей недалеко от музея. Вообще, историческое написание народа корел в русском языке ранее всегда было через букву «о», и именно это написание отражено в летописях («В то же лето ходиша корела на емь…», «Беют челом корила погоская Кюлолакская и Кюриеская Господину Новугороду…») и многих исторических названиях (крепость «Корела», Корельский уезд).
Впоследствии, благодаря аканью безударный звук «о» в слове «корелы» превратился в «а», что наложило отпечаток и на написание названия деревни, хотя изначально новгородскому диалекту (а жители Беломорья в основе своей являются потомками новгородцев) и северо-великорусским говорам было присуще оканье.
В связи с этим в настоящее время путаницу вносит наименование туристического комплекса «Малые Карелы», находящегося между деревней и музеем со схожими названиями.