Официально история создания храма при МИФИ ведёт начало с 26 декабря 2002 года, когда на заседании Совета ветеранов МИФИ было принято постановление: «Чтобы увековечить память основателей МИФИ, всех, кто умножил его славу, просить Ученый совет разрешить строительство на территории МИФИ храма-часовни на средства жертвователей». Сторонниками храма утверждается, что он был создан для того «чтобы имеющаяся община могла реализовывать свое конституционное право исповедовать свою религию недалеко от места работы и учёбы».
До постройки храма первые молебны в МИФИ с весны 2005 года проводились на военной кафедре, причём в аудитории памяти Героя Советского Союза Василия Писклова. С мая 2009 года проводились строительные и отделочные работы. В сентябре они были завершены.
Освящён 4 марта 2010 года патриархом Московским и всея Руси Кириллом. Во время визита было совершено малое освящение храма. Весной 2011 года храм был расписан по типу ярославской фрески профессиональными художниками-иконописцами.
