Здание занимает очень ответственное в градостроительном отношении место в центре Кремля и, вместе с примыкающим к ниму с западной стороны Епархиальным домом, ограничивает с юга и востока территорию Владычного двора. Здание Митрополичьих покоев построено в первой трети XVIII века, поскольку оно изображено на плане города, датируемом 1732 годом В.Л. Яниным. На этих планах каменное здание начинается от Воскресенских ворот Кремля и, повторяя конфигурацию прежней деревянной стены, продолжается до Софийского собора. Хорошо видна проездная арка под Златоустовской церковью, северный торец здания расширен к западу, к средней части южного крыла архиерейского дома перпендикулярно примыкает протяженная пристройка, которая поворачивает на запад, до соединения с кремлевской стеной, образуя внутренний дворовый комплекс.
Макарий свидетельствует, что в 1716 году по указу Петра I в Кремле, за счет доходов архиерейского дома, открыт сиротский дом и богадельня. Располагались эти благотворительные заведения в одноэтажном здании на месте Митрополичьев покоев. Возможно, именно в это время и для этой цели был сооружен протяженный корпус, который впоследствии занят службами архиерейского дома.
Сохранился чертеж 1760 года изображающий план северного крыла здания, без церкви Богоявляения. В южной трети корпус прорезает широкая проездная арка, делящая его на две части. Южное крыло занимала духовная консистория. Назначение здания не выяснено, можно предполагать, что уже тогда оно использовалось для проживания высших новгородских архиереев.
В 1775-1780 годах, при митрополите Гаврииле, корпус капитально перестраивается в формах раннего классицизма. Автор проекта -архитектор Петр Романович Никитин.
П.Р. Никитин сохранил большинство капитальных стен прежней постройки, но существенно изменил планировку и переделал фасады в духе парадной дворцовой архитектуры.
В 1804 году здание пострадало от пожара и было отремонтировано в следующем году. После ремонта церковь Богоявления была переименована в церковь Благовещения.
На чертежах 1830 года видно, что планировка и фасады здания существенно не изменились. Назначение помещений было следующим, 1-й этаж — в пристройке, примыкающей к Софийскому собору придел, церковь, Гурия, Самона и Авива, а южнее — сторожка для звонарей, северный торец здания — кельи для сторожей, южнее сеней — архиерейская кухня и кладовые для продуктов. В средней части северного крыла — архиерейская баня, в южном крыле — духовная консистория. 2-й этаж занимали церковь Благовещения и покои митрополита.
В 1911-1912 годах при митрополите Арсении западная одноэтажная часть здания разобрана и на ее месте сооружен огромный трехэтажный Епархиальный дом, фасады которого решены аналогично фасадам Митрополичьев покоев. Епархиальный дом был предназначен для проведения духовно-нравственных чтений, лекций и концертов, оборудовано помещение для архива. В 1913 году создается церковно-археологический музей, книжный магазин и склад. В южном крыле разместилась библиотека и читальный зал.
Здание Митрополичьев покоев по своему прямому назначению использовалось эпизодически, митрополиты большую часть времени проводили в Санкт-Петербурге и Москве. Здание также предназначалось для проживания знаменитых особ, здесь останавливались великая княгиня Екатерина Павловна, княгиня Александра Федоровна, императоры Александр I, Николай I и др.
Памятник представляет собой интересный и редкий для Новгорода образец большого парадного здания 70-годов XVIII века, решенного в духе раннего классицизма с элементами барокко. Включает в себя большие части более старых построек, которые еще мало исследованы. Это один из примеров перестройки древнего здания XVIII века. Здание Митрополичьев покоев имеет большое градостроительное значение — как протяженное здание, расположенное в центре Кремля.
