В 2000 году на Архиерейском Соборе было принято решение о канонизации трагически погибшей семьи последнего российского императора Николая II. Одной из главных причин принятия такого решения было широкое народное почитание царской семьи.
В 2000-е годы по всей территории России стали строиться храмы в честь Царственных Страстотерпцев Николая и Александры. С инициативой возведения такой церкви в Минеральных Водах выступил местный казачий атаман О. Губенко.
В 2003 году началось строительство храма, а через 5 лет основные работы были завершены. В 2012 году состоялось торжественное освящение храма. Ежегодно в июле в Минеральных Водах походит крестный ход в память о Царственных страстотерпцах.
