До 1819 года монастырь носил название «Рязанский Пустынский Покровский девичий», в народе его называли Аграфенинской пустынью и находился около озера Куцкого, недалеко от Рязани.
18 июня 1819 года его перевели на так называемую Чёрную Гору в восточной части города Михайлова, а в мае 1820 года перевезли и поставили кельи. Монастырю был передан кладбищенский храм Воскресения Христова. В 1919 году монастырь был закрыт советской властью, всё монастырское имущество конфисковано и разграблено, храмы опечатаны. Вскоре в монастыре разместился отряд красноармейцев, через несколько лет на его территории расположилась свиноферма. К концу 1950-х годов все монастырские постройки снесли до основания. В 1998 году жителями Михайлова был построен Храм-часовня в честь иконы Божией матери «Взыскание погибших».
Храм освящён митрополитом Рязанским и Касимовским Симоном Новиковым 10 октября 1999 года. 6 октября 1999 года Священный синод благословил открытие Покровского женского монастыря для возобновления в нем монашеской жизни. 27 мая 2001 года была освящена церковь Покрова Пресвятой Богородицы.
2 июля 2005 года архиепископ Рязанский и Касимовский Павел Пономарёв совершил закладку камня в основание восстанавливаемого монастырского соборного храма с главным престолом в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
11 сентября 2007 года по благословению архиепископа Рязанского и Касимовского Павла была заложен камень в основание надвратного храма в честь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
При монастыре действует воскресная школа, библиотека. Имеется небольшое подсобное хозяйство, птицеводство, животноводство. Трапезная для паломников есть, но отдельной гостиницы не имеется, могут принять максимум 12-15 человек в жилом корпусе.
В настоящее время в монастыре ведутся восстановительные работы, воссоздаётся соборный храм, достраивается монастырская ограда, заложен сад.
