Музей был открыт на общественных началах в начале 1986 года в специально построенном здании. Силами краеведа З. Е. Протченко, совета ветеранов Великой Отечественной войны, неравнодушных граждан Мглинского района были собраны экспонаты и оформлены экспозиции «Мглин – древний город», рассказывающая об истории города и экспозиция, посвящённая Великой Отечественной войне. Но в конце года здание было передано Брянской художественной галерее, а музей переведён в одну из учебных аудиторий СПТУ-37.
Решением администрации Мглинского района в 1998 году музей был воссоздан, в 2003 ему было присвоено имя краеведа и основателя З. Е. Протченко, в декабре 2011 года создано Муниципальное бюджетное учреждение «Мглинский районный краеведческий музей». Сейчас вниманию посетителей представлены экспозиции: «Археология», «Этнография», «Воинская слава», «Воины-интернационалисты», «Лучшие люди района», «Художественная выставка».
