За алтарем Казанского собора находятся могилки настоятельниц обители. До начала 20-х гг. XX века на этом месте была усыпальница, устроенная в 1910 году по проекту губернского инженера Б.А. Савицкого стараниями благотворителя монастыря Сергея Васильевича Перлова.
В феврале 1911 года в этой усыпальнице была погребена схиигумения Екатерина (Самбикина, 1842-1911). В октябре того же года в неё были перенесены ранее почившие настоятельницы схимонахиня София (Болотова, 1845-1888) и схиигумения Евфросиния (Розова, 1830-1904). В 1919 году здесь же была похоронена схиигумения Валентина (Розанцева, 1864-1919), последняя перед закрытием монастыря настоятельница.
В одном из отделений усыпальницы в 1910 году похоронили Сергея Васильевича по его завещанию: «Я хочу лечь в Шамордине, чтобы мои дети не забывали его. Моя могила будет привлекать их сюда». После закрытия обители усыпальница была полностью разрушена, сохранился только фундамент.
