Появление Церкви Премудрости Божией связывают с переселением в Москву новгородцев в конце XV века. Проложенная здесь улица по ней называлась «Софийской». Существующая церковь выстроена в 1692 г. на месте деревянной (построена 1585-1590 гг.), сгоревшей в 1685 г. Во второй половине XVIII века церковь перестраивалась. К концу столетия появились новая декорация фасадов и купольное покрытие, были построены северный, Никольский придел и двухъярусная колокольня с западной стороны, соединенная с церковью переходом. После 1812 г. при ремонте облик церкви приобрел ампирный характер. В 1816 г. нижний ярус колокольни украсили портики, проемы второго яруса (звона) получили колонное обрамление. Этот восьмигранный ярус дополнен цилиндрической надстройкой с куполом и шпилем.
В 1839 г. был составлен проект реконструкции церкви с учетом изменения конфигурации церковного двора при перепланировке места в 1819 г. Новые приделы совершенно симметричны в восточной части, но южный придел резко сужается к западу, формируя своим фасадом застройку красной линии. Центральная апсида сделана прямоугольной; вдоль ее восточной стены проходит граница соседнего владения. В 1842 г. были сооружены трапезная и южный, Казанский придел, последний, как бы срезанный линией улицы, получил неправильную форму. Прежний тройной алтарь заменен прямоугольным. В конце XIX века декор храма был частично изменен. В 1890-е гг. были обновлены фасады и купольное покрытие, детали оформления утрачены, остатки кокошников скрыты под купольным покрытием. Церковь обновлялась в 1901 г.
В период гонений на Православие в ХХ веке древний Софийский храм в самом центре столицы постигла тяжкая участь многих христианских святынь. Он был закрыт, частично разрушен. Здание было передано в ведение КГБ и использовалось в качестве складского помещения. В 1934 г. был разобран верх колокольни храма и его колоннада.
Храм был воссоздан в августе 2001 г. при активном содействии Федеральной службы безопасности России, при этом часть средств на восстановление была пожертвована сотрудниками ФСБ. Здание состоит на государственной охране под №188. 6 марта 2002 г. церковь освящена Святейшим Патриархом Алексием II, передавшим в дар храму икону Божией Матери «Умиление».
Софии Премудрости Божией у Пушечного двора, что на Лубянке, церковь (Пушечная улица, дом № 15).
Первоначальная церковь была построена переселенцами из Новгорода в воспоминание о новгородском Софийском соборе, и впервые упоминается в источниках в 1480 г. Наименование «у Пушечного двора» связано с тем, что рядом находился крупнейший центр производства артиллерийских орудий и боеприпасов, память о котором ныне сохраняется в названии Пушечной улицы. В 1650 г. взамен обветшавшего деревянного храма возвели новый, освященный 19 июня 1650 г. при патриархе Никоне (по одним сведениям, деревянный, сгоревший в 1685 г., по другим – каменный, сохранившийся до наших дней). Церковь капитально перестроили в 1691–1692 гг., в ней был устроен придел святителя Николая. Храм обновлялся во второй половине XVIII в. – был возведен новый купол и колокольня. Храм пострадал во время пожара 1812 г. и был восстановлен в 1813–1816 гг. В 1816 г. приобрела свой нынешний облик колокольня, к ней пристроили портики тосканского ордена, был обрамлен колоннами второй ярус, возведена цилиндрическая надстройка, увенчанная куполом и шпилем. В 1842 г. построили южный придел Казанской иконы Божией Матери и трапезную. Таким образом, в XIX в. храм приобрел современный облик, в нем гармонично слились в единый образ черты московского храма XVII в. с ампирной обработкой декора. Храм стоит под углом к улице, к нему всегда тесно примыкали другие постройки, поэтому план его имеет неправильную форму; угол церковного здания как бы скошен линией улицы. В 1901 г. храм обновлялся.
Храм сохранился от разрушения после закрытия, хотя в 1930-х гг. были разобраны колоннада и верх колокольни. В январе 2000 г. было принято решение о передаче храма общине верующих, и начались работы по его восстановлению. Освящен 6 марта 2002 г. патриархом Алексием II.
Михаил Вострышев «Москва православная. Все храмы и часовни».
http://rutlib.com/book/21735/p/17
Эта церковь – всё, что осталось от некогда существовавшего на Лубянке поселения выходцев из Великого Новгорода. Переселялись они во многом не по своей воле, а под давлением великого князя московского, и хотели на новом месте создать своеобразное напоминание о родном городе.
До 1922 г. Пушечная улица носила название Софийка – по храму Софии Премудрости Божией. Такое название для церкви было выбрано не случайно: после присоединения Новгородской республики к Московскому великому княжеству в столицу оказались перевезены многие именитые горожане, а их место в Великом Новгороде заняли верные новой власти люди. По одной из версий, создавая свое компактное поселение на территории, данной им московским князем, новгородцы назвали соседнюю улицу в честь исторического района своего города – Лубяниц – а также поставили храм, напоминающий им о знаменитом Софийском соборе.
Новгородский характер храма подчеркивало и существование при ней придела во имя святого Никиты Новгородского. В дальнейшем здание церкви несколько раз обновлялось, в 1650 г. оно построено заново, а в 1685 г. сгорело в пожаре. На средства стольника Моисея Овцына в 1691 г. храм был отстроен вновь. Основная часть храма сохранилась с конца XVII в. до наших дней, хотя церковь неоднократно перестраивали. Колокольня построена в 1816 г. в стиле ампир.
К 1932 г. церковь была закрыта и передана органам госбезопасности. Вскоре храм лишился главы и завершения колокольни, были уничтожены портики, а сам он превратился в Экспериментальную фабрику спортивных изделий общества «Динамо». С 2001 г. богослужения в храме возобновлены, он получил статус приходской церкви при ФСБ.