Церковь в местечке Меркине (Мяркине) упоминается в 1530 г. Крестовоздвиженская церковь была построена в 1888 г. на базарной площади на средства Синода и пожертвования (Laukaitytė R. Staėiatikiė Baėnyėia Lietuvoje XX amėiuje. — Vilnius, 2003). Архитектура трехчастной церкви ориентирована на образцовый проект К.А. Тона – церковь в имении Синявина. Главный четверик завершали высокая четырехскатная кровля и луковичная глава на барабане. В оформлении преобладали щипцы, завершавшие центральные прясла фасадов главного четверика, фасады притвора и яруса звона колокольни. Алтарная часть – трапециевидная в плане. Колокольня завершена шатром.
В 1896 г. была построена кладбищенская часовня. Приходу принадлежали: с XVI в. — 87 га Колубишкского поместья, с середины XIX в. – еще 43 га, с 1895 г. – 6 участков в городке. В 1937 г. в приходе насчитывалось 565 человек, в том числе жители Алитуса, в 1946 г. – 100 человек. В 1933 г. по требованию местных властей церковь предполагалось снести. В 1947 г. был зарегистрирован приход, но через 2 года храм закрыт под зернохранилище, затем – склад и музей, уничтожено историческое завершение главного объема.
Прот. Александр Берташ
